The era of reference genomes in conservation genomics

Formenti, G.; Theissinger, K.; Fernandes, C.; Bista, I.; Bombarely, A.; Bleidorn, C.; Ciofi, C.; Crottini, A.; Godoy, J.A.; Hoglund, J.; Malukiewicz, J.; Mouton, A.; Oomen, R.A.; Paez, S.; Palsboll, P.J.; Pampoulie, C.; Ruiz-Lopez, M.J.; Svardal, H.; Theofanopoulou, C.; de Vries, J.; Waldvogel, A.-.; Zhang, G.; Mazzoni, C.J.; Jarvis, E.D.; Balint, M.; Ciampor, F.; Hoglund, J.; Palsboll, P.; Ruiz-Lopez, M.J.; Zhang, G.; Jarvis, E.; Aghayan, S.A.; Alioto, T.S.; Almudi, I.; Alvarez, N.; Alves, P.C.; Amorim, I.R.; Antunes, A.; Arribas, P.; Baldrian, P.; Berg, P.R.; Bertorelle, G.; Bohne, A.; Bonisoli-Alquati, A.; Bostjancic, L.L.; Boussau, B.; Breton, C.M.; Buzan, E.; Campos, P.F.; Carreras, C.; Castro, L.F.; Chueca, L.J.; Conti, E.; Cook-Deegan, R.; Croll, D.; Cunha, M.V.; Delsuc, F.; Dennis, A.B.; Dimitrov, D.; Faria, R.; Favre, A.; Fedrigo, O.D.; Fernandez, R.; Ficetola, G.F.; Flot, J.-.; Gabaldon, T.; Galea Agius, D.R.; Gallo, G.R.; Giani, A.M.; Gilbert, M.T.P.; Grebenc, T.; Guschanski, K.; Guyot, R.; Hausdorf, B.; Hawlitschek, O.; Heintzman, P.D.; Heinze, B.; Hiller, M.; Husemann, M.; Iannucci, A.; Irisarri, I.; Jakobsen, K.S.; Jentoft, S.; Klinga, P.; Kloch, A.; Kratochwil, C.F.; Kusche, H.; Layton, K.K.S.; Leonard, J.A.; Lerat, E.; Liti, G.; Manousaki, T.; Marques-Bonet, T.; Matos-Maravi, P.; Matschiner, M.; Maumus, F.; Mc Cartney, A.M.; Meiri, S.; Melo-Ferreira, J.; Mengual, X.; Monaghan, M.T.; Montagna, M.; Myslajek, R.W.; Neiber, M.T.; Nicolas, V.; Novo, M.; Ozretic, P.; Palero, F.; Parvulescu, L.; Pascual, M.; Paulo, O.S.; Pavlek, M.; Pegueroles, C.; Pellissier, L.; Pesole, G.; Primmer, C.R.; Riesgo, A.; Ruber, L.; Rubolini, D.; Salvi, D.; Seehausen, O.; Seidel, M.; Secomandi, S.; Studer, B.; Theodoridis, S.; Thines, M.; Urban, L.; Vasemagi, A.; Vella, A.; Vella, N.; Vernes, S.C.; Vernesi, C.; Vieites, D.R.; Waterhouse, R.M.; Wheat, C.W.; Worheide, G.; Wurm, Y.; Zammit, G.

doi:10.1016/j.tree.2021.11.008

Progress in genome sequencing now enables the large-scale generation of reference genomes. Various international initiatives aim to generate reference genomes representing global biodiversity. These genomes provide unique insights into genomic diversity and architecture, thereby enabling comprehensive analyses of population and functional genomics, and are expected to revolutionize conservation genomics.

The era of reference genomes in conservation genomics / G. Formenti, K. Theissinger, C. Fernandes, I. Bista, A. Bombarely, C. Bleidorn, C. Ciofi, A. Crottini, J.A. Godoy, J. Hoglund, J. Malukiewicz, A. Mouton, R.A. Oomen, S. Paez, P.J. Palsboll, C. Pampoulie, M.J. Ruiz-Lopez, H. Svardal, C. Theofanopoulou, J. de Vries, A.-. Waldvogel, G. Zhang, C.J. Mazzoni, E.D. Jarvis, M. Balint, F. Ciampor, J. Hoglund, P. Palsboll, M.J. Ruiz-Lopez, G. Zhang, E. Jarvis, S.A. Aghayan, T.S. Alioto, I. Almudi, N. Alvarez, P.C. Alves, I.R. Amorim, A. Antunes, P. Arribas, P. Baldrian, P.R. Berg, G. Bertorelle, A. Bohne, A. Bonisoli-Alquati, L.L. Bostjancic, B. Boussau, C.M. Breton, E. Buzan, P.F. Campos, C. Carreras, L.F. Castro, L.J. Chueca, E. Conti, R. Cook-Deegan, D. Croll, M.V. Cunha, F. Delsuc, A.B. Dennis, D. Dimitrov, R. Faria, A. Favre, O.D. Fedrigo, R. Fernandez, G.F. Ficetola, J.-. Flot, T. Gabaldon, D.R. Galea Agius, G.R. Gallo, A.M. Giani, M.T.P. Gilbert, T. Grebenc, K. Guschanski, R. Guyot, B. Hausdorf, O. Hawlitschek, P.D. Heintzman, B. Heinze, M. Hiller, M. Husemann, A. Iannucci, I. Irisarri, K.S. Jakobsen, S. Jentoft, P. Klinga, A. Kloch, C.F. Kratochwil, H. Kusche, K.K.S. Layton, J.A. Leonard, E. Lerat, G. Liti, T. Manousaki, T. Marques-Bonet, P. Matos-Maravi, M. Matschiner, F. Maumus, A.M. Mc Cartney, S. Meiri, J. Melo-Ferreira, X. Mengual, M.T. Monaghan, M. Montagna, R.W. Myslajek, M.T. Neiber, V. Nicolas, M. Novo, P. Ozretic, F. Palero, L. Parvulescu, M. Pascual, O.S. Paulo, M. Pavlek, C. Pegueroles, L. Pellissier, G. Pesole, C.R. Primmer, A. Riesgo, L. Ruber, D. Rubolini, D. Salvi, O. Seehausen, M. Seidel, S. Secomandi, B. Studer, S. Theodoridis, M. Thines, L. Urban, A. Vasemagi, A. Vella, N. Vella, S.C. Vernes, C. Vernesi, D.R. Vieites, R.M. Waterhouse, C.W. Wheat, G. Worheide, Y. Wurm, G. Zammit. - In: TRENDS IN ECOLOGY & EVOLUTION. - ISSN 0169-5347. - 37:5(2022 Mar), pp. 197-202. [10.1016/j.tree.2021.11.008]