Analisi del trascrittoma durante lo sviluppo e la senescenza dei fiori di Hibiscus rosa-sinensis L.

La senescenza dei fiori è un processo programmato e altamente regolato a livello genetico. I tessuti fiorali durante la senescenza subiscono dei profondi cambiamenti che coinvolgono diversi processi fisiologici e biochimici. Per approfondire le basi genetiche che regolano questi processi è stato effettuato un’analisi del trascrittoma dei fiori di ibisco (Hibiscus rosa-sinensis L.). I fiori sono stati campionati allo stadio di gemma e fiore aperto/senescente al fine di ottenere il maggior numero di geni possibili coinvolto nel processo d’invecchiamento dei fiori. Dai campioni è stato estratto l’RNA totale e utilizzato per la costruzione di una libreria a doppia elica di cDNA. Le librerie sono state sequenziate utilizzando la tecnologia 454 al fine di ottenere sequenze lunghe da poter facilmente annotare. Il sequenziamento ha prodotto 30988 geni totali tra gemma e fiori aperti/senescenti. In particolare, nella gemma sono stati isolati 23058 geni e nei fiori aperti/senescenti 18102. I geni comuni ai due stadi sono stati 10172, mentre 12866 erano solo espressi nelle gemme e 7930 solo nei fiori aperti senescenti. La lunghezza media delle sequenze ottenute è stata di 319, 2 bp, con una media di 339,11 bp nelle gemme e 296,4 bp nei fiori aperti/senescenti. L’analisi del profilo di espressione ha individuato una totale di 4.188 geni differenzialmente espressi tra la gemma e il fiore parzialmente senescente, tra i quali 2.053 sono risultati essere sovra-regolati mentre 2.135 sotto-regolati. Inoltre i geni sono stati classificati in differenti categorie funzionali mediante Gene Ontology (GO) e sulla base della loro similarità di sequenza a proteine note nel database UniProt annotate con domini InterPro e COG. I risultati ottenuti consentiranno di delucidare i meccanismi molecolari coinvolti nel processo di senescenza fiorale e forniranno una vasta risorsa genomica che faciliterà il miglioramento genetico e sarà indispensabile per ricerche future su questa specie.