La sindrome Poichiloderma con Neutropenia (PN; OMIM#604173) è una rara genodermatosi autosomica recessiva caratterizzata da poichiloderma, neutropenia grave non ciclica che causa infezioni ricorrenti e predispone a sindrome mielodisplastica con possibile evoluzione leucemica, alterazioni degli annessi cutanei, ipercheratosi palmoplantare, difetti ossei e dismorfismi craniofacciali. Del gene causativo C16orf57, che codifica per una esonucleasi coinvolta nello splicing, sono note due isoforme prodotte da splicing alternativo: C16orf57-001, che comprende sette esoni, e C16orf57-004 che condivide con l’isoforma 001 i primi tre esoni ma ritiene una porzione dell’IVS3 riconosciuta come quarto ed ultimo esone. Abbiamo valutato con RT-PCR semiquantitativa il profilo di espressione delle isoforme 001 e 004 in un pannello di linee cellulari e tessuti normali e tumorali. Entrambe le isoforme sono espresse ubiquitariamente a conferma della natura housekeeping del gene; i livelli più elevati nei tessuti connettivo, osseo ed ematopoietico, prevalentemente colpiti nella sindrome, suggeriscono la loro sensibilità a difetti di C16orf57. L’espressione delle due isoforme è stata quindi analizzata in linee linfoblastoidi e sangue di pazienti PN con mutazioni precoci e tardive di vario tipo: splicing (c.265+2T>G, c.502A>G, c.504-2A>C, c.683_693+1del12), nonsenso (c.232C>T) e delezioni (c.179delC, c.531delA) per valutare la presenza e i livelli dei trascritti. Sono stati rilevati trascritti mutati di entrambe le isoforme in tutti i pazienti. L’isoforma 001 risulta diminuita, dal 98% al 37% circa, nei pazienti rispetto ai controlli, in modo più rilevante nei casi con mutazioni precoci. L’isoforma 004 è invece ridotta solo nei casi con mutazioni negli esoni condivisi con l’isoforma 001, del 49% per c.179delC e dell’80% per c.232C>T, mentre negli altri pazienti l’espressione è comparabile ai controlli. Al fine di convalidare ed espandere questi dati, i livelli di espressione di C16orf57 in pazienti PN verranno analizzati a livello quantitativo per stabilire il ratio tra le due isoforme e la riduzione di una o entrambe a seconda della posizione della mutazione, fattore che, combinato all’analisi delle proteine, fornirà indicazioni sulla correlazione genotipo-fenotipo.

ANALISI SEMIQUANTITATIVA DELL’ESPRESSIONE DELLE ISOFORME DEL GENE C16orf57 IN UN PANNELLO DI LINEE CELLULARI E TESSUTI ED IN PAZIENTI CON POICHILODERMA CON NEUTROPENIA / L. Fontana, G. Negri, E.A. Colombo, L. Larizza - In: XV Congresso Nazionale SIGU - Abstract Book[s.l] : SIGU - Società Italiana di Genetica Umana, 2012 Nov 25. (( convegno XV Congresso Nazionale SIGU tenutosi a Sorrento (NA) nel 2012.

ANALISI SEMIQUANTITATIVA DELL’ESPRESSIONE DELLE ISOFORME DEL GENE C16orf57 IN UN PANNELLO DI LINEE CELLULARI E TESSUTI ED IN PAZIENTI CON POICHILODERMA CON NEUTROPENIA

L. Fontana;G. Negri;E.A. Colombo;L. Larizza
2012-11-25

Abstract

La sindrome Poichiloderma con Neutropenia (PN; OMIM#604173) è una rara genodermatosi autosomica recessiva caratterizzata da poichiloderma, neutropenia grave non ciclica che causa infezioni ricorrenti e predispone a sindrome mielodisplastica con possibile evoluzione leucemica, alterazioni degli annessi cutanei, ipercheratosi palmoplantare, difetti ossei e dismorfismi craniofacciali. Del gene causativo C16orf57, che codifica per una esonucleasi coinvolta nello splicing, sono note due isoforme prodotte da splicing alternativo: C16orf57-001, che comprende sette esoni, e C16orf57-004 che condivide con l’isoforma 001 i primi tre esoni ma ritiene una porzione dell’IVS3 riconosciuta come quarto ed ultimo esone. Abbiamo valutato con RT-PCR semiquantitativa il profilo di espressione delle isoforme 001 e 004 in un pannello di linee cellulari e tessuti normali e tumorali. Entrambe le isoforme sono espresse ubiquitariamente a conferma della natura housekeeping del gene; i livelli più elevati nei tessuti connettivo, osseo ed ematopoietico, prevalentemente colpiti nella sindrome, suggeriscono la loro sensibilità a difetti di C16orf57. L’espressione delle due isoforme è stata quindi analizzata in linee linfoblastoidi e sangue di pazienti PN con mutazioni precoci e tardive di vario tipo: splicing (c.265+2T>G, c.502A>G, c.504-2A>C, c.683_693+1del12), nonsenso (c.232C>T) e delezioni (c.179delC, c.531delA) per valutare la presenza e i livelli dei trascritti. Sono stati rilevati trascritti mutati di entrambe le isoforme in tutti i pazienti. L’isoforma 001 risulta diminuita, dal 98% al 37% circa, nei pazienti rispetto ai controlli, in modo più rilevante nei casi con mutazioni precoci. L’isoforma 004 è invece ridotta solo nei casi con mutazioni negli esoni condivisi con l’isoforma 001, del 49% per c.179delC e dell’80% per c.232C>T, mentre negli altri pazienti l’espressione è comparabile ai controlli. Al fine di convalidare ed espandere questi dati, i livelli di espressione di C16orf57 in pazienti PN verranno analizzati a livello quantitativo per stabilire il ratio tra le due isoforme e la riduzione di una o entrambe a seconda della posizione della mutazione, fattore che, combinato all’analisi delle proteine, fornirà indicazioni sulla correlazione genotipo-fenotipo.
Settore MED/03 - Genetica Medica
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