Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
IRIS Institutional Research Information System - AIR Archivio Istituzionale della Ricerca
We report a high-quality draft genome sequence of the domesticated apple (Malus × domestica). We show that a relatively recent (>50 million years ago) genome-wide duplication (GWD) has resulted in the transition from nine ancestral chromosomes to 17 chromosomes in the Pyreae. Traces of older GWDs partly support the monophyly of the ancestral paleohexaploidy of eudicots. Phylogenetic reconstruction of Pyreae and the genus Malus, relative to major Rosaceae taxa, identified the progenitor of the cultivated apple as M. sieversii. Expansion of gene families reported to be involved in fruit development may explain formation of the pome, a Pyreae-specific false fruit that develops by proliferation of the basal part of the sepals, the receptacle. In apple, a subclade of MADS-box genes, normally involved in flower and fruit development, is expanded to include 15 members, as are other gene families involved in Rosaceae-specific metabolism, such as transport and assimilation of sorbitol.
The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.) / R. Velasco, A. Zharkikh, J. Affourtit, A. Dhingra, A. Cestaro, A. Kalyanaraman, P. Fontana, S.K. Bhatnagar, M. Troggio, D. Pruss, S. Salvi, M. Pindo, P. Baldi, S. Castelletti, M. Cavaiuolo, G. Coppola, F. Costa, V. Cova, A. Dal Ri, V. Goremykin, M. Komjanc, S. Longhi, P. Magnago, G. Malacarne, M. Malnoy, D. Micheletti, M. Moretto, M. Perazzolli, A. Si-Ammour, S. Vezzulli, E. Zini,
G. Eldredge, L.M. Fitzgerald, N. Gutin, J. Lanchbury, T. Macalma, J.T. Mitchell, J. Reid, B. Wardell, C. Kodira, Z. Chen, B. Desany, F. Niazi, M. Palmer, T. Koepke, D. Jiwan, S. Schaeffer, V. Krishnan, C. Wu, V.T. Chu, S. T. King, J. Vick, Q. Tao, A. Mraz, A. Stormo, K. Stormo, R. Bogden, D. Ederle, A. Stella, A. Vecchietti, M.M. Kater, S. Masiero, P. Lasserre, Y. Lespinasse, A.C. Allan, V. Bus, D. Chagné, R.N. Crowhurst, A.P. Gleave, E. Lavezzo, J.A. Fawcett, S. Proost, P. Rouzé, L. Sterck, S. Toppo, B. Lazzari, R.P. Hellens, C.-E. Durel, A. Gutin, R.E. Bumgarner, S.E. Gardiner, M. Skolnick, M. Egholm, Y. Van de Peer, F. Salamini, R. Viola. - In: NATURE GENETICS. - ISSN 1061-4036. - 42:10(2010), pp. 833-839. [10.1038/ng.654]
The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.)
R. Velasco;A. Zharkikh;J. Affourtit;A. Dhingra;A. Cestaro;A. Kalyanaraman;P. Fontana;S. K. Bhatnagar;M. Troggio;D. Pruss;S. Salvi;M. Pindo;P. Baldi;S. Castelletti;M. Cavaiuolo;G. Coppola;F. Costa;V. Cova;A. Dal Ri;V. Goremykin;M. Komjanc;S. Longhi;P. Magnago;G. Malacarne;M. Malnoy;D. Micheletti;M. Moretto;M. Perazzolli;A. Si Ammour;S. Vezzulli;E. Zini;G. Eldredge;L. M. Fitzgerald;N. Gutin;J. Lanchbury;T. Macalma;J. T. Mitchell;J. Reid;B. Wardell;C. Kodira;Z. Chen;B. Desany;F. Niazi;M. Palmer;T. Koepke;D. Jiwan;S. Schaeffer;V. Krishnan;C. Wu;V. T. Chu;S. T. King;J. Vick;Q. Tao;A. Mraz;A. Stormo;K. Stormo;R. Bogden;D. Ederle;A. Stella;A. Vecchietti;M.M. Kater;S. Masiero;P. Lasserre;Y. Lespinasse;A. C. Allan;V. Bus;D. Chagné;R. N. Crowhurst;A. P. Gleave;E. Lavezzo;J. A. Fawcett;S. Proost;P. Rouzé;L. Sterck;S. Toppo;B. Lazzari;R. P. Hellens;C. E. Durel;A. Gutin;R. E. Bumgarner;S. E. Gardiner;M. Skolnick;M. Egholm;Y. Van de Peer;F. Salamini;R. Viola
2010
Abstract
We report a high-quality draft genome sequence of the domesticated apple (Malus × domestica). We show that a relatively recent (>50 million years ago) genome-wide duplication (GWD) has resulted in the transition from nine ancestral chromosomes to 17 chromosomes in the Pyreae. Traces of older GWDs partly support the monophyly of the ancestral paleohexaploidy of eudicots. Phylogenetic reconstruction of Pyreae and the genus Malus, relative to major Rosaceae taxa, identified the progenitor of the cultivated apple as M. sieversii. Expansion of gene families reported to be involved in fruit development may explain formation of the pome, a Pyreae-specific false fruit that develops by proliferation of the basal part of the sepals, the receptacle. In apple, a subclade of MADS-box genes, normally involved in flower and fruit development, is expanded to include 15 members, as are other gene families involved in Rosaceae-specific metabolism, such as transport and assimilation of sorbitol.
The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.) / R. Velasco, A. Zharkikh, J. Affourtit, A. Dhingra, A. Cestaro, A. Kalyanaraman, P. Fontana, S.K. Bhatnagar, M. Troggio, D. Pruss, S. Salvi, M. Pindo, P. Baldi, S. Castelletti, M. Cavaiuolo, G. Coppola, F. Costa, V. Cova, A. Dal Ri, V. Goremykin, M. Komjanc, S. Longhi, P. Magnago, G. Malacarne, M. Malnoy, D. Micheletti, M. Moretto, M. Perazzolli, A. Si-Ammour, S. Vezzulli, E. Zini,
G. Eldredge, L.M. Fitzgerald, N. Gutin, J. Lanchbury, T. Macalma, J.T. Mitchell, J. Reid, B. Wardell, C. Kodira, Z. Chen, B. Desany, F. Niazi, M. Palmer, T. Koepke, D. Jiwan, S. Schaeffer, V. Krishnan, C. Wu, V.T. Chu, S. T. King, J. Vick, Q. Tao, A. Mraz, A. Stormo, K. Stormo, R. Bogden, D. Ederle, A. Stella, A. Vecchietti, M.M. Kater, S. Masiero, P. Lasserre, Y. Lespinasse, A.C. Allan, V. Bus, D. Chagné, R.N. Crowhurst, A.P. Gleave, E. Lavezzo, J.A. Fawcett, S. Proost, P. Rouzé, L. Sterck, S. Toppo, B. Lazzari, R.P. Hellens, C.-E. Durel, A. Gutin, R.E. Bumgarner, S.E. Gardiner, M. Skolnick, M. Egholm, Y. Van de Peer, F. Salamini, R. Viola. - In: NATURE GENETICS. - ISSN 1061-4036. - 42:10(2010), pp. 833-839. [10.1038/ng.654]
none
Prodotti della ricerca::01 - Articolo su periodico
86
262
Article (author)
no
R. Velasco, A. Zharkikh, J. Affourtit, A. Dhingra, A. Cestaro, A. Kalyanaraman, P. Fontana, S.K. Bhatnagar, M. Troggio, D. Pruss, S. Salvi, M. Pindo, P. Baldi, S. Castelletti, M. Cavaiuolo, G. Coppola, F. Costa, V. Cova, A. Dal Ri, V. Goremykin, M. Komjanc, S. Longhi, P. Magnago, G. Malacarne, M. Malnoy, D. Micheletti, M. Moretto, M. Perazzolli, A. Si Ammour, S. Vezzulli, E. Zini, G. Eldredge, L.M. Fitzgerald, N. Gutin, J. Lanchbury, T. Macalma, J.T. Mitchell, J. Reid, B. Wardell, C. Kodira, Z. Chen, B. Desany, F. Niazi, M. Palmer, T. Koepke, D. Jiwan, S. Schaeffer, V. Krishnan, C. Wu, V.T. Chu, S.T. King, J. Vick, Q. Tao, A. Mraz, A. Stormo, K. Stormo, R. Bogden, D. Ederle, A. Stella, A. Vecchietti, M.M. Kater, S. Masiero, P. Lasserre, Y. Lespinasse, A.C. Allan, V. Bus, D. Chagné, R.N. Crowhurst, A.P. Gleave, E. Lavezzo, J.A. Fawcett, S. Proost, P. Rouzé, L. Sterck, S. Toppo, B. Lazzari, R.P. Hellens, C.E. Durel, A. Gutin, R.E. Bumgarner, S.E. Gardiner, M. Skolnick, M. Egholm, Y. Van de Peer, F. Salamini, R. Viola
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/2434/149673
Citazioni
600
1693
1585
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.