SPITALERI, ANDREA
SPITALERI, ANDREA
Dipartimento di Biotecnologie Mediche e Medicina Traslazionale
Current state-of-the-art and gaps in platform trials: 10 things you should know, insights from EU-PEARL
2024 F. Koenig, C. Spiertz, D. Millar, S. Rodríguez-Navarro, N. Machín, A. Van Dessel, J. Genescà, J.M. Pericàs, M. Posch, A. Sánchez-Montalva, A.B. Estevez, À. Sánchez, A. Sanjuan, E. Sena, E. Granados, E. Arévalo de Andrés, F. Nuñez, G. Arteaga, G.P. Fuentes Ruiz, G. Fernández, J. Rivera-Esteban, J. Comella, J.A. Ramos-Quiroga, J. Genescà, J. Espinosa, J.M. Pericàs, L. Murcia, L. Cash-Gibson, M. de Valles Silvosa, M.F. Barroso de Sousa, O. Sánchez-Maroto Carrizo, P. Ibañez-Jiménez, S. Augustin, S. Perez-Hoyos, S. Rodríguez-Navarro, S. Muñoz-Martínez, S. Serres, S. Kalko, A. Michon, A. Ussi, B. Lydall, E. van de Ketterij, I. Quiles, T. Carapina, C. Kumaus, D. Ramazanova, E.L. Meyer, F. Koenig, M.B. Roig, M. Brunner, M. Posch, P. Krotka, S. Zehetmayer, C. Carton, E. Legius, A. Begum, C. Pariante, C. Worrell, G. Lombardo, L. Sforzini, M. Brown, N. Gullet, N. Amasi-Hartoonian, R. Ferner, M. Kose, A. Spitaleri, A. Ghodousi, C. Di Serio, D. Cirillo, F. Cugnata, F. Saluzzo, F. Benedetti, M.G. Scarale, M. Zini, P.M. Rancoita, R. Alagna, S. Poletti, B. Dhaenens, J. Van Der Lei, J. de Steenwinkel, M. Moinat, R. Oostenbrink, W. Hoogendijk, M. Hölscher, N. Heinrich, C. Otte, C. Potratz, D. Zocholl, E. Kulakova, F. Tacke, J. Brasanac, J. Leubner, M. Krajewska, M.M. Freitag, S. Gold, T. Zoller, W.R. Chae, C. Daniel, L. Kara, M. Vaterkowski, N. Griffon, P. Wolkenstein, R. Pais, V. Ratziu, D. Voets, C. Maes, D. Kalra, G. Thienpoint, J. Deckerck, N. Lea, P. Singleton, K. Viele, P. Jacko, S. Berry, T. Parke, A. Michon, B. Aydin, C. Kubiak, J. Demotes, K. Ueda, M. Matei, S. Contrino, C. Röhl, E. Cordero, F. Greenhalgh, H. Jarke, J. Angelova, M. Boudes, S. Dressler, V. Strammiello, Q. Anstee, I. Gutierrez-Ibarluzea, M. Otte, N. Heimbach, B. Hofner, C. Burgwinkel, H. Kaestel, K. Hees, Q. Nguyen, D. Prieto-Alhambra, E.H.(. Tan, M. Raviglione, P. de Colombani, S. Villa, E. Maron, G. Evans, A.J. Savitz, A. Van Dessel, A. Duca, A. Kaminski, B. Wouters, B. Porter, C. Charron, C. Spiertz, C. Zizzamia, D. Millar, D. Hasselbaink, D. Orr, D. Kesters, E. Hubin, E. Davies, E. Didden, G. Guz, E. Verstraete, G. Mao, G. Capuano, H. Martynowicz, H. De Smedt, I. Larsson, I. Bruegelmans, I. Coste, J.M. Gonzalez Moreno, J. Niewczas, J. Xu, K. Rombouts, K. Woo, K. Wuyts, K. Hersh, K. Oldenburg, L. Zhang, M. Schmidt, M. Szuch, M. Todorovic, M. Mangelaars, M. Grewal, M. Sandor, N. Di Prospero, P. Van Houten, P. Minnick, P. Bastos, R. Patrizi, S. Morello, S. De Wilde, T. Sun, T. Kline, T. de Marez, T. Mielke, T. Reijns, V. Popova, Y. Flossbach, Y. Tymofyeyev, Z. De Groote, A. Sverdlov, A. Bobirca, A. Krause, C. Bobrica, D. Heintz, D. Magirr, E. Glimm, F. Baffert, F. Castiglione, F. Caruso, F. Patalano, F. Bretz, G. Heimann, I. Carbarns, I. Rodríguez, I. Ratescu, L. Hampson, M. Pedrosa, M. Hark, P. Mesenbrink, S.H. Penna, S. Bergues-Lang, S. Baltes-Engler, T. Arsiwala, V.J. Mondragon, H. Guo, J.L. Da Costa, C. Burman, G. Kirk, A. Aaes-Jørgensen, J. Dirach, M.S. Kjær, A. Martin, D. Hristov, F. Rousseaux, N. Hittel, R. Dornheim, D. Evans, N. Sykes, C. Couvert, C. Leuven, L. Notelet, M. Gidh-Jain, M. Jouannin, N. Ammour, S. Pierre, V. Haufe, Y. Dong, C. Dubanchet, N. de Préville, T. Baltauss, Z. Jian, S. Shnider, T. Bar-El, A. Bakker, M. Nievo, U. Iloeje, A. Conradie, E. Auffarrth, L. Lombard, M. Benhayoun, M. Olugbosi, S.S. Seidel, B. Gumí, C.G. Guzmán, E. Molero, G. Pairó, N. Machin, R. Cardelús, S. Ramasastry, S. Pelzer, A. Kremer, E. Lindfors, C. Lynch
Quantitative measurement of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis reveals genetic determinants of resistance and susceptibility in a target gene approach
2024 I. Barilar, S. Battaglia, E. Borroni, A.P. Brandao, A. Brankin, A.M. Cabibbe, J. Carter, D. Chetty, D.M. Cirillo, P. Claxton, D.A. Clifton, T. Cohen, J. Coronel, D.W. Crook, V. Dreyer, S.G. Earle, V. Escuyer, L. Ferrazoli, P.W. Fowler, G.F. Gao, J. Gardy, S. Gharbia, K.T. Ghisi, A. Ghodousi, A.L. Gibertoni Cruz, L. Grandjean, C. Grazian, R. Groenheit, J.L. Guthrie, W. He, H. Hoffmann, S.J. Hoosdally, M. Hunt, Z. Iqbal, N.A. Ismail, L. Jarrett, L. Joseph, R. Jou, P. Kambli, R. Khot, J. Knaggs, A. Koch, D. Kohlerschmidt, S. Kouchaki, A.S. Lachapelle, A. Lalvani, S.G. Lapierre, I.F. Laurenson, B. Letcher, W. Lin, C. Liu, D. Liu, K.M. Malone, A. Mandal, M. Mansjö, D.V.L. Calisto Matias, G. Meintjes, F. de Freitas Mendes, M. Merker, M. Mihalic, J. Millard, P. Miotto, N. Mistry, D. Moore, K.A. Musser, D. Ngcamu, H.N. Nhung, S. Niemann, K.S. Nilgiriwala, C. Nimmo, M. O’Donnell, N. Okozi, R.S. Oliveira, S.V. Omar, N. Paton, T.E.A. Peto, J.M.W. Pinhata, S. Plesnik, Z.M. Puyen, M.S. Rabodoarivelo, N. Rakotosamimanana, P.M.V. Rancoita, P. Rathod, E.R. Robinson, G. Rodger, C. Rodrigues, T.C. Rodwell, A. Roohi, D. Santos-Lazaro, S. Shah, G. Smith, T.A. Kohl, W. Solano, A. Spitaleri, A.J.C. Steyn, P. Supply, U. Surve, S. Tahseen, N.T.T. Thuong, G. Thwaites, K. Todt, A. Trovato, C. Utpatel, A. Van Rie, S. Vijay, A.S. Walker, T.M. Walker, R. Warren, J. Werngren, M. Wijkander, R.J. Wilkinson, D.J. Wilson, P. Wintringer, Y. Xiao, Y. Yang, Z. Yanlin, S. Yao, B. Zhu
Advantages of long- and short-reads sequencing for the hybrid investigation of the Mycobacterium tuberculosis genome
2023 F. Di Marco, A. Spitaleri, S. Battaglia, V. Batignani, A.M. Cabibbe, D.M. Cirillo
Resistance patterns and transmission of mono- and polyresistant TB: clinical impact of WGS
2023 M. Dohál, V. Dvořáková, M. Šperková, M. Pinková, A. Spitaleri, E.M. Rasmussen, M. Škereňová, M. Krivošová, E. Gondáš, I. Porvazník, I. Solovič, D.M. Cirillo, J. Mokrý
Bedaquiline and clofazimine resistance in Mycobacterium tuberculosis: an in-vitro and in-silico data analysis
2023 L. Sonnenkalb, J.J. Carter, A. Spitaleri, Z. Iqbal, M. Hunt, K.M. Malone, C. Utpatel, D.M. Cirillo, C. Rodrigues, K.S. Nilgiriwala, P.W. Fowler, M. Merker, S. Niemann, I. Barilar, S. Battaglia, E. Borroni, A.P. Brandao, A. Brankin, A.M. Cabibbe, J. Carter, D.M. Cirillo, P. Claxton, D.A. Clifton, T. Cohen, J. Coronel, D.W. Crook, V. Dreyer, S.G. Earle, V. Escuyer, L. Ferrazoli, P.W. Fowler, G. Fu Gao, J. Gardy, S. Gharbia, K.T. Ghisi, A. Ghodousi, A.L. Gibertoni Cruz, L. Grandjean, C. Grazian, R. Groenheit, J.L. Guthrie, W. He, H. Hoffmann, S.J. Hoosdally, M. Hunt, Z. Iqbal, N.A. Ismail, L. Jarrett, L. Joseph, R. Jou, P. Kambli, R. Khot, J. Knaggs, A. Koch, D. Kohlerschmidt, S. Kouchaki, A.S. Lachapelle, A. Lalvani, S. Grandjean Lapierre, I.F. Laurenson, B. Letcher, W. Lin, C. Liu, D. Liu, K.M. Malone, A. Mandal, M. Mansjö, D. Matias, G. Meintjes, F. de Freitas Mendes, M. Merker, M. Mihalic, J. Millard, P. Miotto, N. Mistry, D. Moore, K.A. Musser, D. Ngcamu, N.N. Hoang, K.S. Nilgiriwala, C. Nimmo, N. Okozi, R.S. Oliveira, S.V. Omar, N. Paton, T.E. Peto, J.M. Watanabe Pinhata, S. Plesnik, Z.M. Puyen, M.S. Rabodoarivelo, N. Rakotosamimanana, P.M. Rancoita, P. Rathod, G. Rodger, C. Rodrigues, T.C. Rodwell, E. Roohi, D. Santos-Lazaro, S. Shah, T.A. Kohl, G. Smith, W. Solano, P. Supply, U. Surve, S. Tahseen, N.T.T. Thuong, G. Thwaites, K. Todt, A. Trovato, C. Utpatel, A. Van Rie, S. Vijay, T.M. Walker, S.A. Walker, R. Warren, J. Werngren, M. Wijkander, R.J. Wilkinson, D.J. Wilson, P. Wintringer, X.X. Yu, Y. Yang, Y. Zhao, S. Yao, B. Zhu
Genomics and the “-Omics”
2023 F. Saluzzo, A. Spitaleri, D.M. Cirillo
Rapid SARS-CoV-2 Intra-Host and Within-Household Emergence of Novel Haplotypes
2022 L. Manuto, M. Grazioli, A. Spitaleri, P. Fontana, L. Bianco, L. Bertolotti, M. Bado, G. Mazzotti, F. Bianca, F. Onelia, G. Lorenzin, F. Simeoni, D. Lazarevic, E. Franchin, C.D. Vecchio, I. Dorigatti, G. Tonon, D.M. Cirillo, E. Lavezzo, A. Crisanti, S. Toppo
The aminoglycoside-modifying enzyme Eis2 represents a new potential in vivo target for reducing antimicrobial drug resistance in Mycobacterium abscessus complex
2022 N.I. Lore, F. Saliu, A. Spitaleri, D. Schafle, F. Nicola, D.M. Cirillo, P. Sander
Whole genome sequencing of isoniazid monoresistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis reveals novel genetic polymorphisms
2022 S. Gupta, C. Kumar, K. Shrivastava, V. Chauhan, A. Singh, R. Arora, A. Giri, A.M. Cabibbe, N.K. Sharma, A. Spitaleri, D.M. Cirillo, M. Bose, M. Varma-Basil
Detection of NDM-1/5 and OXA-48 co-producing extensively drug-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae in Northern Italy
2022 G. Lorenzin, F. Gona, S. Battaglia, A. Spitaleri, F. Saluzzo, A. Trovato, F. di Marco, P. Cichero, A. Biancardi, P. Nizzero, B. Castiglione, P. Scarpellini, M. Moro, D.M. Cirillo
Whole genome sequencing of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates collected in the Czech Republic, 2005–2020
2022 M. Dohal, V. Dvorakova, M. Sperkova, M. Pinkova, A. Spitaleri, A. Norman, A.M. Cabibbe, E.M. Rasmussen, I. Porvaznik, M. Skerenova, I. Solovic, D.M. Cirillo, J. Mokry
Phylogeography and genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Italy and Europe with newly characterized Italian genomes between February-June 2020
2022 A. Lai, A. Bergna, S. Toppo, M. Morganti, S. Menzo, V. Ghisetti, B. Bruzzone, M. Codeluppi, V. Fiore, E.V. Rullo, G. Antonelli, L. Sarmati, G. Brindicci, A. Callegaro, C. Sagnelli, D. Francisci, I. Vicenti, A. Miola, G. Tonon, D. Cirillo, I. Menozzi, S. Caucci, F. Cerutti, A. Orsi, R. Schiavo, S. Babudieri, G. Nunnari, C.M. Mastroianni, M. Andreoni, L. Monno, D. Guarneri, N. Coppola, A. Crisanti, M. Galli, G. Zehender, C. Balotta, C. Ventura, M. Schiuma, E. Lavezzo, P. Fontana, L. Bianco, L. Bertolotti, L. Manuto, M. Grazioli, F. Bianca, C. Del Vecchio, E. Franchin, F. Onelia, A. Spitaleri, F. Saluzzo, G. Lorenzin, S. Pongolini, E. Scaltriti, L. Soliani, P. Bagnarelli, C. Turchi, V. Onofri, F. Melchionda, A. Tagliabracci, E. Burdino, M.G. Milia, P. Caligiuri, V. De Pace, V. Ricucci, A. Domnich, S. Boccotti, L.M. Cristina, G.L. Cascio, S. Rubino, V. Lai, G. Rocca, R. Govoni, G. Mancuso, R. Campagna, L. Mazzuti, G. Oliveto, O. Turriziani, L. Campogiani, M. Compagno, L. Coppola, A.M.A. Crea, G. De Simone, A. Di Lorenzo, L. Ferrari, M. Iannetta, V. Malagnino, T. Mulas, B. Rossi, I. Spalliera, S. Tedde, E. Teti, P. Vitale, M. Zordan, E. Milano, A. Lagioia, R. Gallitelli, M. Starace, C. Minichini, A. Di Fraia, M. Schioppa, R. Greco, A. Gidari, M. Zazzi, F. Dragoni, L.L. Puma, S. Ronchiadin, L. Ruggerone, D. Russignaga
Tuning Local Hydration Enables a Deeper Understanding of Protein-Ligand Binding: The PP1-Src Kinase Case
2021 A. Spitaleri, S.R. Zia, P. Di Micco, B. Al-Lazikani, M.A. Soler, W. Rocchia
Adaptive nanopores: A bioinspired label-free approach for protein sequencing and identification
2021 A. Spitaleri, D. Garoli, M. Schütte, H. Lehrach, W. Rocchia, F. De Angelis
A Simplified Amino Acidic Alphabet to Unveil the T-Cells Receptors Antigens: A Computational Perspective
2021 R. Iannuzzi, G. Rossetti, A. Spitaleri, R.J.P. Bonnal, M. Pagani, L. Mollica
Enhanced Molecular Dynamics Method to Efficiently Increase the Discrimination Capability of Computational Protein-Protein Docking
2021 N. Scafuri, M.A. Soler, A. Spitaleri, W. Rocchia
Role of Epistasis in Amikacin, Kanamycin, Bedaquiline, and Clofazimine Resistance in Mycobacterium tuberculosis Complex
2021 R. Vargas, L. Freschi, A. Spitaleri, S. Tahseen, I. Barilar, S. Niemann, P. Miotto, D.M. Cirillo, C.U. Köser, M.R. Farhat
Characterization of Genomic Variants Associated with Resistance to Bedaquiline and Delamanid in Naive Mycobacterium tuberculosis Clinical Strains
2020 S. Battaglia, A. Spitaleri, A.M. Cabibbe, C.J. Meehan, C. Utpatel, N. Ismail, S. Tahseen, A. Skrahina, N. Alikhanova, S.M. Mostofa Kamal, A. Barbova, S. Niemann, R. Groenheit, A.S. Dean, M. Zignol, L. Rigouts, D.M. Cirillo
Application of Targeted Next-Generation Sequencing Assay on a Portable Sequencing Platform for Culture-Free Detection of Drug-Resistant Tuberculosis from Clinical Samples
2020 A.M. Cabibbe, A. Spitaleri, S. Battaglia, R.E. Colman, A. Suresh, S. Uplekar, T.C. Rodwell, D.M. Cirillo
Application of machine learning techniques to tuberculosis drug resistance analysis
2019 S. Kouchaki, Y. Yang, T.M. Walker, A.S. Walker, D.J. Wilson, T.E.A. Peto, D.W. Crook, D.A. Clifton, S.J. Hoosdally, A.L. Gibertoni Cruz, J. Carter, C. Grazian, S. Kouchaki, P.W. Fowler, Z. Iqbal, M. Hunt, E.G. Smith, P. Rathod, L. Jarrett, D. Matias, D.M. Cirillo, E. Borroni, S. Battaglia, A. Ghodousi, A. Spitaleri, A. Cabibbe, S. Tahseen, K. Nilgiriwala, S. Shah, C. Rodrigues, P. Kambli, U. Surve, R. Khot, S. Niemann, T. Kohl, M. Merker, H. Hoffmann, N. Molodtsov, S. Plesnik, N. Ismail, S.V. Omar, L. Joseph, E. Marubini, G. Thwaites, T.N.T. Thuong, N.H. Ngoc, V. Srinivasan, D. Moore, J. Coronel, W. Solano, G.F. Gao, G. He, Y. Zhao, A. Ma, C. Liu, B. Zhu, I. Laurenson, P. Claxton, R.J. Wilkinson, A. Lalvani, J. Posey, J. Gardy, J. Werngren, N. Paton, R. Jou, M.-. Wu, W.-. Lin, L. Ferrazoli, R.S. De Oliveira, I. Arandjelovic, I. Comas, F. Drobniewski, Q. Gao, V. Sintchenko, P. Supply, D. Van Soolingen