Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites

Tompa, M.; Li, N.; Bailey, T.L.; Church, G.M.; De Moor, B.; Eskin, E.; Favorov, A.V.; Frith, M.C.; Fu, Y.; Kent, W.J.; Makeev, V.J.; Mironov, A.A.; Noble, W.S.; Pavesi, G.; Pesole, G.; Regnier, M.; Simonis, N.; Sinha, S.; Thijs, G.; van Helden, J.; Vandenbogaert, M.; Weng, Z.; Workman, C.; Ye, C.; Zhu, Z.

doi:10.1038/nbt1053

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The prediction of regulatory elements is a problem where computational methods offer great hope. Over the past few years, numerous tools have become available for this task. The purpose of the current assessment is twofold: to provide some guidance to users regarding the accuracy of currently available tools in various settings, and to provide a benchmark of data sets for assessing future tools.

Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites / M. Tompa, N. Li, T.L. Bailey, G.M. Church, B. De Moor, E. Eskin, A.V. Favorov, M.C. Frith, Y. Fu, W.J. Kent, V.J. Makeev, A.A. Mironov, W.S. Noble, G. Pavesi, G. Pesole, M. Regnier, N. Simonis, S. Sinha, G. Thijs, J. van Helden, M. Vandenbogaert, Z. Weng, C. Workman, C. Ye, Z. Zhu. - In: NATURE BIOTECHNOLOGY. - ISSN 1087-0156. - 23:1(2005), pp. 137-144.

Titolo:	Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites
Autori:	M. Tompa N. Li T. L. Bailey G. M. Church B. De Moor E. Eskin A. V. Favorov M. C. Frith Y. Fu W. J. Kent V. J. Makeev A. A. Mironov W. S. Noble PAVESI, GIULIO G. Pesole M. Regnier N. Simonis S. Sinha G. Thijs J. van Helden M. Vandenbogaert Z. Weng C. Workman C. Ye Z. Zhu mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Parole Chiave:	genome annotation assessment; regulatory elements; prediction; sequences; genes; DNA
Settore Scientifico Disciplinare:	Settore INF/01 - Informatica Settore BIO/11 - Biologia Molecolare
Data di pubblicazione:	2005
Rivista:	NATURE BIOTECHNOLOGY
Tipologia:	Article (author)
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1038/nbt1053
Appare nelle tipologie:	01 - Articolo su periodico

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http://hdl.handle.net/2434/9761

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