Identificazione di bersagli terapeutici a RNA in pazienti pediatrici affetti da osteosarcoma e sarcoma di Ewing

L’osteosarcoma (OS) ed il sarcoma di Ewing (SE) sono i sarcomi ossei (SO) più comuni nei pazienti pediatrici. L’avanzamento delle tecnologie ha portato al miglioramento dello standard terapeutico, tuttavia l’identificazione di nuovi target è necessaria nell’ottica di una medicina di precisione. Nell'ambito del trial clinico nazionale SAR_GEN-ITA (ClinicalTrial.gov id:NCT04621201), abbiamo analizzato 28 OS e 18 SE in pazienti pediatrici e giovani adulti tramite whole exome e total-RNA sequencing. L’analisi delle mutazioni somatiche e delle alterazioni nelle copie alleliche ha confermato il basso carico mutazionale e l’alta instabilità genomica di questi tumori. L’espressione differenziale ha svelato, invece, un’espressione significativamente alterata di geni afferenti alla transizione epitelio-mesenchimale e al pathway di KRAS rispettivamente negli OS e negli SE. Avvalendoci di dati di espressione di linee cellulari di osteoblasti, abbiamo identificato, attraverso un’indagine di splicing alternativo, 4,025 eventi differenziali negli OS e 3,890 negli SE. Analizzando gli elementi regolatori, abbiamo individuato le proteine candidate alla rimodulazione dello splicing alternativo, tra cui SRSF1 e U2AF1. Tra gli eventi possibilmente oncogenici abbiamo concentrato la nostra attenzione sull’inclusione dell’esone 30 di FLNA, emerso quale candidato in entrambi i tumori. Inoltre, poiché lo splicing alternativo è un’alta fonte di neoantigeni, abbiamo ispezionato ulteriormente le isoforme trovando 454 nuove giunzioni che danno vita a neoepitopi potenzialmente targettabili, la maggior parte dei quali è presente in singoli pazienti. Tra gli eventi maggiormente condivisi abbiamo selezionato un neoepitopo del gene XPO1, noto gene essenziale ed oncogene. Nel complesso, le nostre analisi rivelano nuove prospettive terapeutiche per gli SO.