Identificazione di ‘Candidatus Liberibacter asiaticus’ e ‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’ in piante del genere Citrus spp. affette da deperimento in Iran

A partire dal 2010 una nuova malattia denominata “citrus decline disease” (CDD) si è diffusa nel sud della regione del Kerman in Iran. I sintomi, osservabili su diverse specie di Citrus, sono: ingiallimenti delle foglie, riduzione del vigore, arresto della crescita e progressivo deperimento della pianta fino alla morte entro 5-6 anni dalla comparsa dei sintomi. In particolare le piante maggiormente suscettibili sono arancio dolce, pompelmo e mandarino innestate sul portainnesto Bakraee. Poiché i sintomi osservati sono correlabili ad altre malattie descritte su Citrus spp e associate a patogeni obbligati quali ‘Candidatus Liberibacter’ e ‘Candidatus Phytoplasma’ sono state avviate indagini volte ad identificare tali patogeni in piante con sintomi di CDD. Durante un monitoraggio condotto nel mese di marzo 2017 nel sud del Kerman sono state campionate sei piante di Citrus sinensis (L.) dal differente stato sanitario. In particolare sono state raccolte radici e foglie da 6 piante con sintomi di CDD e da 3 piante asintomatiche. Il DNA totale estratto dai 18 campioni è stato sottoposto ad analisi PCR al fine di amplificare il gene 16S rRNA sia di batteri appartenenti al genere ‘Ca. Liberibacter’, utilizzando la coppia di primer OI1/OI2c sia al genere ‘Ca Phytoplasma’ utilizzando le coppie di primers P1/P7 e F2n/R2. I risultati ottenuti dalle analisi di amplificazione genica indicano la presenza sia di ‘Ca. Liberibacter sia di ‘Ca. Phytoplasma’ in 4 campioni sintomatici. Le restanti due piante sintomatiche erano singolarmente infette o da liberibacter o da fitoplasmi. Nessuna amplificazione è stata ottenuta nei campioni asintomatici. In particolare liberibacter è stato identificato esclusivamente nelle radici mentre ‘Ca. Phytoplasma’ è stato identificato sia nelle radici che nelle foglie campionate. Il sequenziamento e l’analisi dei 5 frammenti OI1/OI2c ha permesso di identificare la specie 'Ca. Liberibacter asiaticus'. In particolare l’omologia di sequenza dei ceppi identificati nei campioni con sintomi di CDD varia tra il 99.9 e il 100% con i ceppi GFB-Selangor (EU224393) e H36YPENINSULAR (JQ867409). Tale dato è confermato dall’analisi delle sequenze del gene codificante la proteina ribosomiale rplJ. Il sequenziamento e l’analisi dei 6 frammenti F2n/R2 ha permesso di identificare fitoplasmi appartenenti alla specie 'Ca. Phytoplasma aurantifolia', con una omologia di sequenza compresa fra 99.4-99.7% con il ceppo di riferimento WBDL (U15442). L’analisi di restrizione in silico, condotta con il software iPhyClassifier, ha permesso di attribuire i ceppi fitoplasmatici associati a CDD ai sottogruppi 16SrII-B e -C. Studi ulteriori saranno svolti per descrivere più accuratamente l'eziologia e l'epidemiologia di CDD.