Recurrent emergence of SARS-CoV-2 spike deletion H69/V70 and its role in the Alpha variant B.1.1.7

Meng, B.; Kemp, S.A.; Papa, G.; Datir, R.; Ferreira, I.A.T.M.; Marelli, S.; Harvey, W.T.; Lytras, S.; Mohamed, A.; Gallo, G.; Thakur, N.; Collier, D.A.; Mlcochova, P.; Robson, S.C.; Loman, N.J.; Connor, T.R.; Golubchik, T.; Martinez Nunez, R.T.; Ludden, C.; Corden, S.; Johnston, I.; Bonsall, D.; Smith, C.P.; Awan, A.R.; Bucca, G.; Torok, M.E.; Saeed, K.; Prieto, J.A.; Jackson, D.K.; Hamilton, W.L.; Snell, L.B.; Moore, C.; Harrison, E.M.; Goncalves, S.; Fairley, D.J.; Loose, M.W.; Watkins, J.; Livett, R.; Moses, S.; Amato, R.; Nicholls, S.; Bull, M.; Smith, D.L.; Barrett, J.; Aanensen, D.M.; Curran, M.D.; Parmar, S.; Aggarwal, D.; Shepherd, J.G.; Parker, M.D.; Glaysher, S.; Bashton, M.; Underwood, A.P.; Pacchiarini, N.; Loveson, K.F.; Templeton, K.E.; Langford, C.F.; Sillitoe, J.; De Silva, T.I.; Wang, D.; Kwiatkowski, D.; Rambaut, A.; O'Grady, J.; Cottrell, S.; Holden, M.T.G.; Thomson, E.C.; Osman, H.; Andersson, M.; Chauhan, A.J.; Hassan-Ibrahim, M.O.; Lawniczak, M.; Alderton, A.; Chand, M.; Constantinidou, C.; Unnikrishnan, M.; Darby, A.C.; Hiscox, J.A.; Paterson, S.; Martincorena, I.; Volz, E.M.; Page, A.J.; Pybus, O.G.; Bassett, A.R.; Ariani, C.V.; Chapman, M.H.S.; K. K., L.; Shah, R.N.; Jesudason, N.G.; Taha, Y.; Mchugh, M.P.; Dewar, R.; Jahun, A.S.; Mcmurray, C.; Pandey, S.; Mckenna, J.P.; Nelson, A.; Young, G.R.; Mccann, C.M.; Elliott, S.; Lowe, H.; Temperton, B.; Roy, S.; Price, A.; Rey, S.; Wyles, M.; Rooke, S.; Shaaban, S.; De Cesare, M.; Letchford, L.; Silveira, S.; Pelosi, E.; Wilson-Davies, E.; Hosmillo, M.; O'Toole, A.; Hesketh, A.R.; Stark, R.; Du Plessis, L.; Ruis, C.; Adams, H.; Bourgeois, Y.; Michell, S.L.; Gramatopoulos, D.; Edgeworth, J.; Breuer, J.; Todd, J.A.; Fraser, C.; Buck, D.; John, M.; Kay, G.L.; Palmer, S.; Peacock, S.J.; Heyburn, D.; Weldon, D.; Robinson, E.; Mcnally, A.; Muir, P.; Vipond, I.B.; Boyes, J.; Sivaprakasam, V.; Salluja, T.; Dervisevic, S.; Meader, E.J.; Park, N.R.; Oliver, K.; Jeffries, A.R.; Ott, S.; Da Silva Filipe, A.; Simpson, D.A.; Williams, C.; Masoli, J.A.H.; Knight, B.A.; Jones, C.R.; Koshy, C.; Ash, A.; Casey, A.; Bosworth, A.; Ratcliffe, L.; Xu-McCrae, L.; Pymont, H.M.; Hutchings, S.; Berry, L.; Jones, K.; Halstead, F.; Davis, T.; Holmes, C.; Iturriza-Gomara, M.; Lucaci, A.O.; Randell, P.A.; Cox, A.; Madona, P.; Harris, K.A.; Brown, J.R.; Mahungu, T.W.; Irish-Tavares, D.; Haque, T.; Hart, J.; Witele, E.; Fenton, M.L.; Liggett, S.; Graham, C.; Swindells, E.; Collins, J.; Eltringham, G.; Campbell, S.; Mcclure, P.C.; Clark, G.; Sloan, T.J.; Jones, C.; Lynch, J.; Warne, B.; Leonard, S.; Durham, J.; Williams, T.; Haldenby, S.T.; Storey, N.; Alikhan, N.-.; Holmes, N.; Moore, C.; Carlile, M.; Perry, M.; Craine, N.; Lyons, R.A.; Beckett, A.H.; Goudarzi, S.; Fearn, C.; Cook, K.; Dent, H.; Paul, H.; Davies, R.; Blane, B.; Girgis, S.T.; Beale, M.A.; Bellis, K.L.; Dorman, M.J.; Drury, E.; Kane, L.; Kay, S.; Mcguigan, S.; Nelson, R.; Prestwood, L.; Rajatileka, S.; Batra, R.; Williams, R.J.; Kristiansen, M.; Green, A.; Justice, A.; Mahanama, A.I.K.; Samaraweera, B.; Hadjirin, N.F.; Quick, J.; Poplawski, R.; Kermack, L.M.; Reynolds, N.; Hall, G.; Chaudhry, Y.; Pinckert, M.L.; Georgana, I.; Moll, R.J.; Thornton, A.; Myers, R.; Stockton, J.; Williams, C.A.; Yew, W.C.; Trotter, A.J.; Trebes, A.; MacIntyre-Cockett, G.; Birchley, A.; Adams, A.; Plimmer, A.; Gatica-Wilcox, B.; Mckerr, C.; Hilvers, E.; Jones, H.; Asad, H.; Coombes, J.; Evans, J.M.; Fina, L.; Gilbert, L.; Graham, L.; Cronin, M.; Kumziene-Summerhayes, S.; Taylor, S.; Jones, S.; Groves, D.C.; Zhang, P.; Gallis, M.; Louka, S.F.; Starinskij, I.; Jackson, C.; Gourtovaia, M.; Tonkin-Hill, G.; Lewis, K.; Tovar-Corona, J.M.; James, K.; Baxter, L.; Alam, M.T.; Orton, R.J.; Hughes, J.; Vattipally, S.; Ragonnet-Cronin, M.; Nascimento, F.F.; Jorgensen, D.; Boyd, O.; Geidelberg, L.; Zarebski, A.E.; Raghwani, J.; Kraemer, M.U.G.; Southgate, J.; Lindsey, B.B.; Freeman, T.M.; Keatley, J.-.; Singer, J.B.; De Oliveira Martins, L.; Yeats, C.A.; Abudahab, K.; Taylor, B.E.W.; Menegazzo, M.; Danesh, J.; Hogsden, W.; Eldirdiri, S.; Kenyon, A.; Mason, J.; Robinson, T.I.; Holmes, A.; Price, J.; Hartley, J.A.; Curran, T.; Mather, A.E.; Shankar, G.; Jones, R.; Howe, R.; Morgan, S.; Wastenge, E.; Chapman, M.R.; Mookerjee, S.; Stanley, R.; Smith, W.; Peto, T.; Eyre, D.; Crook, D.; Vernet, G.; Kitchen, C.; Gulliver, H.; Merrick, I.; Guest, M.; Munn, R.; Bradley, D.T.; Wyatt, T.; Beaver, C.; Foulser, L.; Palmer, S.; Churcher, C.M.; Brooks, E.; Smith, K.S.; Galai, K.; Mcmanus, G.M.; Bolt, F.; Coll, F.; Meadows, L.; Attwood, S.W.; Davies, A.; De Lacy, E.; Downing, F.; Edwards, S.; Scarlett, G.P.; Jeremiah, S.; Smith, N.; Leek, D.; Sridhar, S.; Forrest, S.; Cormie, C.; Gill, H.K.; Dias, J.; Higginson, E.E.; Maes, M.; Young, J.; Wantoch, M.; Jamrozy, D.; Lo, S.; Patel, M.; Hill, V.; Bewshea, C.M.; Ellard, S.; Auckland, C.; Harrison, I.; Bishop, C.; Chalker, V.; Richter, A.; Beggs, A.; Best, A.; Percival, B.; Mirza, J.; Megram, O.; Mayhew, M.; Crawford, L.; Ashcroft, F.; Moles-Garcia, E.; Cumley, N.; Hopes, R.; Asamaphan, P.; Niebel, M.O.; Gunson, R.N.; Bradley, A.; Maclean, A.; Mollett, G.; Blacow, R.; Bird, P.; Helmer, T.; Fallon, K.; Tang, J.; Hale, A.D.; Macfarlane-Smith, L.R.; Harper, K.L.; Carden, H.; Machin, N.W.; Jackson, K.A.; Ahmad, S.S.Y.; George, R.P.; Turtle, L.; O'Toole, E.; Watts, J.; Breen, C.; Cowell, A.; Alcolea-Medina, A.; Charalampous, T.; Patel, A.; Levett, L.J.; Heaney, J.; Rowan, A.; Taylor, G.P.; Shah, D.; Atkinson, L.; Lee, J.C.D.; Westhorpe, A.P.; Jannoo, R.; Lowe, H.L.; Karamani, A.; Ensell, L.; Chatterton, W.; Pusok, M.; Dadrah, A.; Symmonds, A.; Sluga, G.; Molnar, Z.; Baker, P.; Bonner, S.; Essex, S.; Barton, E.; Padgett, D.; Scott, G.; Greenaway, J.; Payne, B.A.I.; Burton-Fanning, S.; Waugh, S.; Raviprakash, V.; Sheriff, N.; Blakey, V.; Williams, L.-.; Moore, J.; Stonehouse, S.; Smith, L.; Davidson, R.K.; Bedford, L.; Coupland, L.; Wright, V.; Chappell, J.G.; Tsoleridis, T.; Ball, J.; Khakh, M.; Fleming, V.M.; Lister, M.M.; Howson-Wells, H.C.; Berry, L.; Boswell, T.; Joseph, A.; Willingham, I.; Duckworth, N.; Walsh, S.; Wise, E.; Moore, N.; Mori, M.; Cortes, N.; Kidd, S.; Williams, R.; Gifford, L.; Bicknell, K.; Wyllie, S.; Lloyd, A.; Impey, R.; Malone, C.S.; Cogger, B.J.; Levene, N.; Monaghan, L.; Keeley, A.J.; Partridge, D.G.; Raza, M.; Evans, C.; Johnson, K.; Betteridge, E.; Farr, B.W.; Goodwin, S.; Quail, M.A.; Scott, C.; Shirley, L.; Thurston, S.A.J.; Rajan, D.; Bronner, I.F.; Aigrain, L.; Redshaw, N.M.; Lensing, S.V.; Mccarthy, S.; Makunin, A.; Balcazar, C.E.; Gallagher, M.D.; Williamson, K.A.; Stanton, T.D.; Michelsen, M.L.; Warwick-Dugdale, J.; Manley, R.; Farbos, A.; Harrison, J.W.; Sambles, C.M.; Studholme, D.J.; Lackenby, A.; Mbisa, T.; Platt, S.; Miah, S.; Bibby, D.; Manso, C.; Hubb, J.; Dabrera, G.; Ramsay, M.; Bradshaw, D.; Schaefer, U.; Groves, N.; Gallagher, E.; Lee, D.; Williams, D.; Ellaby, N.; Hartman, H.; Manesis, N.; Patel, V.; Ledesma, J.; Twohig, K.A.; Allara, E.; Pearson, C.; Cheng, J.K.J.; Bridgewater, H.E.; Frost, L.R.; Taylor-Joyce, G.; Brown, P.E.; Tong, L.; Broos, A.; Mair, D.; Nichols, J.; Carmichael, S.N.; Smollett, K.L.; Nomikou, K.; Aranday-Cortes, E.; Johnson, N.; Nickbakhsh, S.; Vamos, E.E.; Hughes, M.; Rainbow, L.; Eccles, R.; Nelson, C.; Whitehead, M.; Gregory, R.; Gemmell, M.; Wierzbicki, C.; Webster, H.J.; Fisher, C.L.; Signell, A.W.; Betancor, G.; Wilson, H.D.; Nebbia, G.; Flaviani, F.; Cerda, A.C.; Merrill, T.V.; Wilson, R.E.; Cotic, M.; Bayzid, N.; Thompson, T.; Acheson, E.; Rushton, S.; O'Brien, S.; Baker, D.J.; Rudder, S.; Aydin, A.; Sang, F.; Debebe, J.; Francois, S.; Vasylyeva, T.I.; Zamudio, M.E.; Gutierrez, B.; Marchbank, A.; Maksimovic, J.; Spellman, K.; Mccluggage, K.; Morgan, M.; Beer, R.; Afifi, S.; Workman, T.; Fuller, W.; Bresner, C.; Angyal, A.; Green, L.R.; Parsons, P.J.; Tucker, R.M.; Brown, R.; Whiteley, M.; Bonfield, J.; Puethe, C.; Whitwham, A.; Liddle, J.; Rowe, W.; Siveroni, I.; Le-Viet, T.; Gaskin, A.; Johnson, R.; Abnizova, I.; Ali, M.; Allen, L.; Anderson, R.; Ariani, C.; Austin-Guest, S.; Bala, S.; Bassett, A.; Battleday, K.; Beal, J.; Beale, M.; Bellany, S.; Bellerby, T.; Bellis, K.; Berger, D.; Berriman, M.; Bevan, P.; Binley, S.; Bishop, J.; Blackburn, K.; Boughton, N.; Bowker, S.; Brendler-Spaeth, T.; Bronner, I.; Brooklyn, T.; Buddenborg, S.K.; Bush, R.; Caetano, C.; Cagan, A.; Carter, N.; Cartwright, J.; Monteiro, T.C.; Chapman, L.; Chillingworth, T.-.; Clapham, P.; Clark, R.; Clarke, A.; Clarke, C.; Cole, D.; Cook, E.; Coppola, M.; Cornell, L.; Cornwell, C.; Corton, C.; Crackett, A.; Cranage, A.; Craven, H.; Craw, S.; Crawford, M.; Cutts, T.; Dabrowska, M.; Davies, M.; Dawson, J.; Day, C.; Densem, A.; Dibling, T.; Dockree, C.; Dodd, D.; Dogga, S.; Dougan, G.; Dougherty, M.; Dove, A.; Drummond, L.; Dudek, M.; Durrant, L.; Easthope, E.; Eckert, S.; Ellis, P.; Farr, B.; Fenton, M.; Ferrero, M.; Flack, N.; Fordham, H.; Forsythe, G.; Francis, M.; Fraser, A.; Freeman, A.; Galvin, A.; Garcia-Casado, M.; Gedny, A.; Girgis, S.; Glover, J.; Gould, O.; Gray, A.; Gray, E.; Griffiths, C.; Gu, Y.; Guerin, F.; Hamilton, W.; Hanks, H.; Harrott, A.; Harry, E.; Harvison, J.; Heath, P.; Hernandez-Koutoucheva, A.; Hobbs, R.; Holland, D.; Holmes, S.; Hornett, G.; Hough, N.; Huckle, L.; Hughes-Hallet, L.; Hunter, A.; Inglis, S.; Iqbal, S.; Jackson, A.; Jackson, D.; Verdejo, C.J.; Jones, M.; Kallepally, K.; Kay, K.; Keatley, J.; Keith, A.; King, A.; Kitchin, L.; Kleanthous, M.; Klimekova, M.; Korlevic, P.; Krasheninnkova, K.; Lane, G.; Langford, C.; Laverack, A.; Law, K.; Lensing, S.; Lewis-Wade, A.; Liddle, J.; Lin, Q.; Lindsay, S.; Linsdell, S.; Long, R.; Lovell, J.; Lovell, J.; Mack, J.; Maddison, M.; Makunin, A.; Mamun, I.; Mansfield, J.; Marriott, N.; Martin, M.; Mayho, M.; Mcclintock, J.; Mchugh, S.; Mapcminn, L.; Meadows, C.; Mobley, E.; Moll, R.; Morra, M.; Morrow, L.; Murie, K.; Nash, S.; Nathwani, C.; Naydenova, P.; Neaverson, A.; Nerou, E.; Nicholson, J.; Nimz, T.; Noell, G.G.; O'Meara, S.; Ohan, V.; Olney, C.; Ormond, D.; Oszlanczi, A.; Pang, Y.F.; Pardubska, B.; Park, N.; Parmar, A.; Patel, G.; Payne, M.; Peacock, S.; Petersen, A.; Plowman, D.; Preston, T.; Quail, M.; Rance, R.; Rawlings, S.; Redshaw, N.; Reynolds, J.; Reynolds, M.; Rice, S.; Richardson, M.; Roberts, C.; Robinson, K.; Robinson, M.; Robinson, D.; Rogers, H.; Rojo, E.M.; Roopra, D.; Rose, M.; Rudd, L.; Sadri, R.; Salmon, N.; Saul, D.; Schwach, F.; Seekings, P.; Simms, A.; Sinnott, M.; Sivadasan, S.; Siwek, B.; Sizer, D.; Skeldon, K.; Skelton, J.; Slater-Tunstill, J.; Sloper, L.; Smerdon, N.; Smith, C.; Smith, C.; Smith, J.; Smith, K.; Smith, M.; Smith, S.; Smith, T.; Sneade, L.; Soria, C.D.; Sousa, C.; Souster, E.; Sparkes, A.; Spencer-Chapman, M.; Squares, J.; Stanley, R.; Steed, C.; Stickland, T.; Still, I.; Stratton, M.; Strickland, M.; Swann, A.; Swiatkowska, A.; Sycamore, N.; Swift, E.; Symons, E.; Szluha, S.; Taluy, E.; Tao, N.; Taylor, K.; Taylor, S.; Thompson, S.; Thompson, M.; Thomson, M.; Thomson, N.; Thurston, S.; Toombs, D.; Topping, B.; Tovar-Corona, J.; Ungureanu, D.; Uphill, J.; Urbanova, J.; Van, P.J.; Vancollie, V.; Voak, P.; Walker, D.; Walker, M.; Waller, M.; Ward, G.; Weatherhogg, C.; Webb, N.; Wells, A.; Wells, E.; Westwood, L.; Whipp, T.; Whiteley, T.; Whitton, G.; Widaa, S.; Williams, M.; Wilson, M.; Wright, S.; Duncan, L.M.; Carabelli, A.M.; Kenyon, J.C.; Lever, A.M.; De Marco, A.; Saliba, C.; Culap, K.; Cameroni, E.; Matheson, N.J.; Piccoli, L.; Corti, D.; James, L.C.; Robertson, D.L.; Bailey, D.; Gupta, R.K.

doi:10.1016/j.celrep.2021.109292

We report severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike ΔH69/V70 in multiple independent lineages, often occurring after acquisition of receptor binding motif replacements such as N439K and Y453F, known to increase binding affinity to the ACE2 receptor and confer antibody escape. In vitro, we show that, although ΔH69/V70 itself is not an antibody evasion mechanism, it increases infectivity associated with enhanced incorporation of cleaved spike into virions. ΔH69/V70 is able to partially rescue infectivity of spike proteins that have acquired N439K and Y453F escape mutations by increased spike incorporation. In addition, replacement of the H69 and V70 residues in the Alpha variant B.1.1.7 spike (where ΔH69/V70 occurs naturally) impairs spike incorporation and entry efficiency of the B.1.1.7 spike pseudotyped virus. Alpha variant B.1.1.7 spike mediates faster kinetics of cell-cell fusion than wild-type Wuhan-1 D614G, dependent on ΔH69/V70. Therefore, as ΔH69/V70 compensates for immune escape mutations that impair infectivity, continued surveillance for deletions with functional effects is warranted.

Recurrent emergence of SARS-CoV-2 spike deletion H69/V70 and its role in the Alpha variant B.1.1.7 / B. Meng, S.A. Kemp, G. Papa, R. Datir, I.A.T.M. Ferreira, S. Marelli, W.T. Harvey, S. Lytras, A. Mohamed, G. Gallo, N. Thakur, D.A. Collier, P. Mlcochova, S.C. Robson, N.J. Loman, T.R. Connor, T. Golubchik, R.T. Martinez Nunez, C. Ludden, S. Corden, I. Johnston, D. Bonsall, C.P. Smith, A.R. Awan, G. Bucca, M.E. Torok, K. Saeed, J.A. Prieto, D.K. Jackson, W.L. Hamilton, L.B. Snell, C. Moore, E.M. Harrison, S. Goncalves, D.J. Fairley, M.W. Loose, J. Watkins, R. Livett, S. Moses, R. Amato, S. Nicholls, M. Bull, D.L. Smith, J. Barrett, D.M. Aanensen, M.D. Curran, S. Parmar, D. Aggarwal, J.G. Shepherd, M.D. Parker, S. Glaysher, M. Bashton, A.P. Underwood, N. Pacchiarini, K.F. Loveson, K.E. Templeton, C.F. Langford, J. Sillitoe, T.I. De Silva, D. Wang, D. Kwiatkowski, A. Rambaut, J. O'Grady, S. Cottrell, M.T.G. Holden, E.C. Thomson, H. Osman, M. Andersson, A.J. Chauhan, M.O. Hassan-Ibrahim, M. Lawniczak, A. Alderton, M. Chand, C. Constantinidou, M. Unnikrishnan, A.C. Darby, J.A. Hiscox, S. Paterson, I. Martincorena, E.M. Volz, A.J. Page, O.G. Pybus, A.R. Bassett, C.V. Ariani, M.H.S. Chapman, K.K. Li, R.N. Shah, N.G. Jesudason, Y. Taha, M.P. Mchugh, R. Dewar, A.S. Jahun, C. Mcmurray, S. Pandey, J.P. Mckenna, A. Nelson, G.R. Young, C.M. Mccann, S. Elliott, H. Lowe, B. Temperton, S. Roy, A. Price, S. Rey, M. Wyles, S. Rooke, S. Shaaban, M. De Cesare, L. Letchford, S. Silveira, E. Pelosi, E. Wilson-Davies, M. Hosmillo, A. O'Toole, A.R. Hesketh, R. Stark, L. Du Plessis, C. Ruis, H. Adams, Y. Bourgeois, S.L. Michell, D. Gramatopoulos, J. Edgeworth, J. Breuer, J.A. Todd, C. Fraser, D. Buck, M. John, G.L. Kay, S. Palmer, S.J. Peacock, D. Heyburn, D. Weldon, E. Robinson, A. Mcnally, P. Muir, I.B. Vipond, J. Boyes, V. Sivaprakasam, T. Salluja, S. Dervisevic, E.J. Meader, N.R. Park, K. Oliver, A.R. Jeffries, S. Ott, A. Da Silva Filipe, D.A. Simpson, C. Williams, J.A.H. Masoli, B.A. Knight, C.R. Jones, C. Koshy, A. Ash, A. Casey, A. Bosworth, L. Ratcliffe, L. Xu-McCrae, H.M. Pymont, S. Hutchings, L. Berry, K. Jones, F. Halstead, T. Davis, C. Holmes, M. Iturriza-Gomara, A.O. Lucaci, P.A. Randell, A. Cox, P. Madona, K.A. Harris, J.R. Brown, T.W. Mahungu, D. Irish-Tavares, T. Haque, J. Hart, E. Witele, M.L. Fenton, S. Liggett, C. Graham, E. Swindells, J. Collins, G. Eltringham, S. Campbell, P.C. Mcclure, G. Clark, T.J. Sloan, C. Jones, J. Lynch, B. Warne, S. Leonard, J. Durham, T. Williams, S.T. Haldenby, N. Storey, N.-. Alikhan, N. Holmes, C. Moore, M. Carlile, M. Perry, N. Craine, R.A. Lyons, A.H. Beckett, S. Goudarzi, C. Fearn, K. Cook, H. Dent, H. Paul, R. Davies, B. Blane, S.T. Girgis, M.A. Beale, K.L. Bellis, M.J. Dorman, E. Drury, L. Kane, S. Kay, S. Mcguigan, R. Nelson, L. Prestwood, S. Rajatileka, R. Batra, R.J. Williams, M. Kristiansen, A. Green, A. Justice, A.I.K. Mahanama, B. Samaraweera, N.F. Hadjirin, J. Quick, R. Poplawski, L.M. Kermack, N. Reynolds, G. Hall, Y. Chaudhry, M.L. Pinckert, I. Georgana, R.J. Moll, A. Thornton, R. Myers, J. Stockton, C.A. Williams, W.C. Yew, A.J. Trotter, A. Trebes, G. MacIntyre-Cockett, A. Birchley, A. Adams, A. Plimmer, B. Gatica-Wilcox, C. Mckerr, E. Hilvers, H. Jones, H. Asad, J. Coombes, J.M. Evans, L. Fina, L. Gilbert, L. Graham, M. Cronin, S. Kumziene-Summerhayes, S. Taylor, S. Jones, D.C. Groves, P. Zhang, M. Gallis, S.F. Louka, I. Starinskij, C. Jackson, M. Gourtovaia, G. Tonkin-Hill, K. Lewis, J.M. Tovar-Corona, K. James, L. Baxter, M.T. Alam, R.J. Orton, J. Hughes, S. Vattipally, M. Ragonnet-Cronin, F.F. Nascimento, D. Jorgensen, O. Boyd, L. Geidelberg, A.E. Zarebski, J. Raghwani, M.U.G. Kraemer, J. Southgate, B.B. Lindsey, T.M. Freeman, J.-. Keatley, J.B. Singer, L. De Oliveira Martins, C.A. Yeats, K. Abudahab, B.E.W. Taylor, M. Menegazzo, J. Danesh, W. Hogsden, S. Eldirdiri, A. Kenyon, J. Mason, T.I. Robinson, A. Holmes, J. Price, J.A. Hartley, T. Curran, A.E. Mather, G. Shankar, R. Jones, R. Howe, S. Morgan, E. Wastenge, M.R. Chapman, S. Mookerjee, R. Stanley, W. Smith, T. Peto, D. Eyre, D. Crook, G. Vernet, C. Kitchen, H. Gulliver, I. Merrick, M. Guest, R. Munn, D.T. Bradley, T. Wyatt, C. Beaver, L. Foulser, S. Palmer, C.M. Churcher, E. Brooks, K.S. Smith, K. Galai, G.M. Mcmanus, F. Bolt, F. Coll, L. Meadows, S.W. Attwood, A. Davies, E. De Lacy, F. Downing, S. Edwards, G.P. Scarlett, S. Jeremiah, N. Smith, D. Leek, S. Sridhar, S. Forrest, C. Cormie, H.K. Gill, J. Dias, E.E. Higginson, M. Maes, J. Young, M. Wantoch, D. Jamrozy, S. Lo, M. Patel, V. Hill, C.M. Bewshea, S. Ellard, C. Auckland, I. Harrison, C. Bishop, V. Chalker, A. Richter, A. Beggs, A. Best, B. Percival, J. Mirza, O. Megram, M. Mayhew, L. Crawford, F. Ashcroft, E. Moles-Garcia, N. Cumley, R. Hopes, P. Asamaphan, M.O. Niebel, R.N. Gunson, A. Bradley, A. Maclean, G. Mollett, R. Blacow, P. Bird, T. Helmer, K. Fallon, J. Tang, A.D. Hale, L.R. Macfarlane-Smith, K.L. Harper, H. Carden, N.W. Machin, K.A. Jackson, S.S.Y. Ahmad, R.P. George, L. Turtle, E. O'Toole, J. Watts, C. Breen, A. Cowell, A. Alcolea-Medina, T. Charalampous, A. Patel, L.J. Levett, J. Heaney, A. Rowan, G.P. Taylor, D. Shah, L. Atkinson, J.C.D. Lee, A.P. Westhorpe, R. Jannoo, H.L. Lowe, A. Karamani, L. Ensell, W. Chatterton, M. Pusok, A. Dadrah, A. Symmonds, G. Sluga, Z. Molnar, P. Baker, S. Bonner, S. Essex, E. Barton, D. Padgett, G. Scott, J. Greenaway, B.A.I. Payne, S. Burton-Fanning, S. Waugh, V. Raviprakash, N. Sheriff, V. Blakey, L.-. Williams, J. Moore, S. Stonehouse, L. Smith, R.K. Davidson, L. Bedford, L. Coupland, V. Wright, J.G. Chappell, T. Tsoleridis, J. Ball, M. Khakh, V.M. Fleming, M.M. Lister, H.C. Howson-Wells, L. Berry, T. Boswell, A. Joseph, I. Willingham, N. Duckworth, S. Walsh, E. Wise, N. Moore, M. Mori, N. Cortes, S. Kidd, R. Williams, L. Gifford, K. Bicknell, S. Wyllie, A. Lloyd, R. Impey, C.S. Malone, B.J. Cogger, N. Levene, L. Monaghan, A.J. Keeley, D.G. Partridge, M. Raza, C. Evans, K. Johnson, E. Betteridge, B.W. Farr, S. Goodwin, M.A. Quail, C. Scott, L. Shirley, S.A.J. Thurston, D. Rajan, I.F. Bronner, L. Aigrain, N.M. Redshaw, S.V. Lensing, S. Mccarthy, A. Makunin, C.E. Balcazar, M.D. Gallagher, K.A. Williamson, T.D. Stanton, M.L. Michelsen, J. Warwick-Dugdale, R. Manley, A. Farbos, J.W. Harrison, C.M. Sambles, D.J. Studholme, A. Lackenby, T. Mbisa, S. Platt, S. Miah, D. Bibby, C. Manso, J. Hubb, G. Dabrera, M. Ramsay, D. Bradshaw, U. Schaefer, N. Groves, E. Gallagher, D. Lee, D. Williams, N. Ellaby, H. Hartman, N. Manesis, V. Patel, J. Ledesma, K.A. Twohig, E. Allara, C. Pearson, J.K.J. Cheng, H.E. Bridgewater, L.R. Frost, G. Taylor-Joyce, P.E. Brown, L. Tong, A. Broos, D. Mair, J. Nichols, S.N. Carmichael, K.L. Smollett, K. Nomikou, E. Aranday-Cortes, N. Johnson, S. Nickbakhsh, E.E. Vamos, M. Hughes, L. Rainbow, R. Eccles, C. Nelson, M. Whitehead, R. Gregory, M. Gemmell, C. Wierzbicki, H.J. Webster, C.L. Fisher, A.W. Signell, G. Betancor, H.D. Wilson, G. Nebbia, F. Flaviani, A.C. Cerda, T.V. Merrill, R.E. Wilson, M. Cotic, N. Bayzid, T. Thompson, E. Acheson, S. Rushton, S. O'Brien, D.J. Baker, S. Rudder, A. Aydin, F. Sang, J. Debebe, S. Francois, T.I. Vasylyeva, M.E. Zamudio, B. Gutierrez, A. Marchbank, J. Maksimovic, K. Spellman, K. Mccluggage, M. Morgan, R. Beer, S. Afifi, T. Workman, W. Fuller, C. Bresner, A. Angyal, L.R. Green, P.J. Parsons, R.M. Tucker, R. Brown, M. Whiteley, J. Bonfield, C. Puethe, A. Whitwham, J. Liddle, W. Rowe, I. Siveroni, T. Le-Viet, A. Gaskin, R. Johnson, I. Abnizova, M. Ali, L. Allen, R. Anderson, C. Ariani, S. Austin-Guest, S. Bala, A. Bassett, K. Battleday, J. Beal, M. Beale, S. Bellany, T. Bellerby, K. Bellis, D. Berger, M. Berriman, P. Bevan, S. Binley, J. Bishop, K. Blackburn, N. Boughton, S. Bowker, T. Brendler-Spaeth, I. Bronner, T. Brooklyn, S.K. Buddenborg, R. Bush, C. Caetano, A. Cagan, N. Carter, J. Cartwright, T.C. Monteiro, L. Chapman, T.-. Chillingworth, P. Clapham, R. Clark, A. Clarke, C. Clarke, D. Cole, E. Cook, M. Coppola, L. Cornell, C. Cornwell, C. Corton, A. Crackett, A. Cranage, H. Craven, S. Craw, M. Crawford, T. Cutts, M. Dabrowska, M. Davies, J. Dawson, C. Day, A. Densem, T. Dibling, C. Dockree, D. Dodd, S. Dogga, G. Dougan, M. Dougherty, A. Dove, L. Drummond, M. Dudek, L. Durrant, E. Easthope, S. Eckert, P. Ellis, B. Farr, M. Fenton, M. Ferrero, N. Flack, H. Fordham, G. Forsythe, M. Francis, A. Fraser, A. Freeman, A. Galvin, M. Garcia-Casado, A. Gedny, S. Girgis, J. Glover, O. Gould, A. Gray, E. Gray, C. Griffiths, Y. Gu, F. Guerin, W. Hamilton, H. Hanks, A. Harrott, E. Harry, J. Harvison, P. Heath, A. Hernandez-Koutoucheva, R. Hobbs, D. Holland, S. Holmes, G. Hornett, N. Hough, L. Huckle, L. Hughes-Hallet, A. Hunter, S. Inglis, S. Iqbal, A. Jackson, D. Jackson, C.J. Verdejo, M. Jones, K. Kallepally, K. Kay, J. Keatley, A. Keith, A. King, L. Kitchin, M. Kleanthous, M. Klimekova, P. Korlevic, K. Krasheninnkova, G. Lane, C. Langford, A. Laverack, K. Law, S. Lensing, A. Lewis-Wade, J. Liddle, Q. Lin, S. Lindsay, S. Linsdell, R. Long, J. Lovell, J. Lovell, J. Mack, M. Maddison, A. Makunin, I. Mamun, J. Mansfield, N. Marriott, M. Martin, M. Mayho, J. Mcclintock, S. Mchugh, L. Mapcminn, C. Meadows, E. Mobley, R. Moll, M. Morra, L. Morrow, K. Murie, S. Nash, C. Nathwani, P. Naydenova, A. Neaverson, E. Nerou, J. Nicholson, T. Nimz, G.G. Noell, S. O'Meara, V. Ohan, C. Olney, D. Ormond, A. Oszlanczi, Y.F. Pang, B. Pardubska, N. Park, A. Parmar, G. Patel, M. Payne, S. Peacock, A. Petersen, D. Plowman, T. Preston, M. Quail, R. Rance, S. Rawlings, N. Redshaw, J. Reynolds, M. Reynolds, S. Rice, M. Richardson, C. Roberts, K. Robinson, M. Robinson, D. Robinson, H. Rogers, E.M. Rojo, D. Roopra, M. Rose, L. Rudd, R. Sadri, N. Salmon, D. Saul, F. Schwach, P. Seekings, A. Simms, M. Sinnott, S. Sivadasan, B. Siwek, D. Sizer, K. Skeldon, J. Skelton, J. Slater-Tunstill, L. Sloper, N. Smerdon, C. Smith, C. Smith, J. Smith, K. Smith, M. Smith, S. Smith, T. Smith, L. Sneade, C.D. Soria, C. Sousa, E. Souster, A. Sparkes, M. Spencer-Chapman, J. Squares, R. Stanley, C. Steed, T. Stickland, I. Still, M. Stratton, M. Strickland, A. Swann, A. Swiatkowska, N. Sycamore, E. Swift, E. Symons, S. Szluha, E. Taluy, N. Tao, K. Taylor, S. Taylor, S. Thompson, M. Thompson, M. Thomson, N. Thomson, S. Thurston, D. Toombs, B. Topping, J. Tovar-Corona, D. Ungureanu, J. Uphill, J. Urbanova, P.J. Van, V. Vancollie, P. Voak, D. Walker, M. Walker, M. Waller, G. Ward, C. Weatherhogg, N. Webb, A. Wells, E. Wells, L. Westwood, T. Whipp, T. Whiteley, G. Whitton, S. Widaa, M. Williams, M. Wilson, S. Wright, L.M. Duncan, A.M. Carabelli, J.C. Kenyon, A.M. Lever, A. De Marco, C. Saliba, K. Culap, E. Cameroni, N.J. Matheson, L. Piccoli, D. Corti, L.C. James, D.L. Robertson, D. Bailey, R.K. Gupta. - In: CELL REPORTS. - ISSN 2211-1247. - 35:13(2021 Jun 29), pp. 109292.1-109292.17, e1-e6. [10.1016/j.celrep.2021.109292]

Recurrent emergence of SARS-CoV-2 spike deletion H69/V70 and its role in the Alpha variant B.1.1.7

Meng B.^Co-primo;Kemp S. A.;G. Papa^Co-primo;Datir R.;Ferreira I. A. T. M.;Marelli S.;Harvey W. T.;Lytras S.;Mohamed A.;Gallo G.;Thakur N.;Collier D. A.;Mlcochova P.;Robson S. C.;Loman N. J.;Connor T. R.;Golubchik T.;Martinez Nunez R. T.;Ludden C.;Corden S.;Johnston I.;Bonsall D.;Smith C. P.;Awan A. R.;Bucca G.;Torok M. E.;Saeed K.;Prieto J. A.;Jackson D. K.;Hamilton W. L.;Snell L. B.;Moore C.;Harrison E. M.;Goncalves S.;Fairley D. J.;Loose M. W.;Watkins J.;Livett R.;Moses S.;Amato R.;Nicholls S.;Bull M.;Smith D. L.;Barrett J.;Aanensen D. M.;Curran M. D.;Parmar S.;Aggarwal D.;Shepherd J. G.;Parker M. D.;Glaysher S.;Bashton M.;Underwood A. P.;Pacchiarini N.;Loveson K. F.;Templeton K. E.;Langford C. F.;Sillitoe J.;de Silva T. I.;Wang D.;Kwiatkowski D.;Rambaut A.;O'Grady J.;Cottrell S.;Holden M. T. G.;Thomson E. C.;Osman H.;Andersson M.;Chauhan A. J.;Hassan-Ibrahim M. O.;Lawniczak M.;Alderton A.;Chand M.;Constantinidou C.;Unnikrishnan M.;Darby A. C.;Hiscox J. A.;Paterson S.;Martincorena I.;Volz E. M.;Page A. J.;Pybus O. G.;Bassett A. R.;Ariani C. V.;Chapman M. H. S.;Li K. K.;Shah R. N.;Jesudason N. G.;Taha Y.;McHugh M. P.;Dewar R.;Jahun A. S.;McMurray C.;Pandey S.;McKenna J. P.;Nelson A.;Young G. R.;McCann C. M.;Elliott S.;Lowe H.;Temperton B.;Roy S.;Price A.;Rey S.;Wyles M.;Rooke S.;Shaaban S.;de Cesare M.;Letchford L.;Silveira S.;Pelosi E.;Wilson-Davies E.;Hosmillo M.;O'Toole A.;Hesketh A. R.;Stark R.;du Plessis L.;Ruis C.;Adams H.;Bourgeois Y.;Michell S. L.;Gramatopoulos D.;Edgeworth J.;Breuer J.;Todd J. A.;Fraser C.;Buck D.;John M.;Kay G. L.;Palmer S.;Peacock S. J.;Heyburn D.;Weldon D.;Robinson E.;McNally A.;Muir P.;Vipond I. B.;Boyes J.;Sivaprakasam V.;Salluja T.;Dervisevic S.;Meader E. J.;Park N. R.;Oliver K.;Jeffries A. R.;Ott S.;da Silva Filipe A.;Simpson D. A.;Williams C.;Masoli J. A. H.;Knight B. A.;Jones C. R.;Koshy C.;Ash A.;Casey A.;Bosworth A.;Ratcliffe L.;Xu-McCrae L.;Pymont H. M.;Hutchings S.;Berry L.;Jones K.;Halstead F.;Davis T.;Holmes C.;Iturriza-Gomara M.;Lucaci A. O.;Randell P. A.;Cox A.;Madona P.;Harris K. A.;Brown J. R.;Mahungu T. W.;Irish-Tavares D.;Haque T.;Hart J.;Witele E.;Fenton M. L.;Liggett S.;Graham C.;Swindells E.;Collins J.;Eltringham G.;Campbell S.;McClure P. C.;Clark G.;Sloan T. J.;Jones C.;Lynch J.;Warne B.;Leonard S.;Durham J.;Williams T.;Haldenby S. T.;Storey N.;Alikhan N. -F.;Holmes N.;Moore C.;Carlile M.;Perry M.;Craine N.;Lyons R. A.;Beckett A. H.;Goudarzi S.;Fearn C.;Cook K.;Dent H.;Paul H.;Davies R.;Blane B.;Girgis S. T.;Beale M. A.;Bellis K. L.;Dorman M. J.;Drury E.;Kane L.;Kay S.;McGuigan S.;Nelson R.;Prestwood L.;Rajatileka S.;Batra R.;Williams R. J.;Kristiansen M.;Green A.;Justice A.;Mahanama A. I. K.;Samaraweera B.;Hadjirin N. F.;Quick J.;Poplawski R.;Kermack L. M.;Reynolds N.;Hall G.;Chaudhry Y.;Pinckert M. L.;Georgana I.;Moll R. J.;Thornton A.;Myers R.;Stockton J.;Williams C. A.;Yew W. C.;Trotter A. J.;Trebes A.;MacIntyre-Cockett G.;Birchley A.;Adams A.;Plimmer A.;Gatica-Wilcox B.;McKerr C.;Hilvers E.;Jones H.;Asad H.;Coombes J.;Evans J. M.;Fina L.;Gilbert L.;Graham L.;Cronin M.;Kumziene-Summerhayes S.;Taylor S.;Jones S.;Groves D. C.;Zhang P.;Gallis M.;Louka S. F.;Starinskij I.;Jackson C.;Gourtovaia M.;Tonkin-Hill G.;Lewis K.;Tovar-Corona J. M.;James K.;Baxter L.;Alam M. T.;Orton R. J.;Hughes J.;Vattipally S.;Ragonnet-Cronin M.;Nascimento F. F.;Jorgensen D.;Boyd O.;Geidelberg L.;Zarebski A. E.;Raghwani J.;Kraemer M. U. G.;Southgate J.;Lindsey B. B.;Freeman T. M.;Keatley J. -P.;Singer J. B.;de Oliveira Martins L.;Yeats C. A.;Abudahab K.;Taylor B. E. W.;Menegazzo M.;Danesh J.;Hogsden W.;Eldirdiri S.;Kenyon A.;Mason J.;Robinson T. I.;Holmes A.;Price J.;Hartley J. A.;Curran T.;Mather A. E.;Shankar G.;Jones R.;Howe R.;Morgan S.;Wastenge E.;Chapman M. R.;Mookerjee S.;Stanley R.;Smith W.;Peto T.;Eyre D.;Crook D.;Vernet G.;Kitchen C.;Gulliver H.;Merrick I.;Guest M.;Munn R.;Bradley D. T.;Wyatt T.;Beaver C.;Foulser L.;Palmer S.;Churcher C. M.;Brooks E.;Smith K. S.;Galai K.;McManus G. M.;Bolt F.;Coll F.;Meadows L.;Attwood S. W.;Davies A.;De Lacy E.;Downing F.;Edwards S.;Scarlett G. P.;Jeremiah S.;Smith N.;Leek D.;Sridhar S.;Forrest S.;Cormie C.;Gill H. K.;Dias J.;Higginson E. E.;Maes M.;Young J.;Wantoch M.;Jamrozy D.;Lo S.;Patel M.;Hill V.;Bewshea C. M.;Ellard S.;Auckland C.;Harrison I.;Bishop C.;Chalker V.;Richter A.;Beggs A.;Best A.;Percival B.;Mirza J.;Megram O.;Mayhew M.;Crawford L.;Ashcroft F.;Moles-Garcia E.;Cumley N.;Hopes R.;Asamaphan P.;Niebel M. O.;Gunson R. N.;Bradley A.;Maclean A.;Mollett G.;Blacow R.;Bird P.;Helmer T.;Fallon K.;Tang J.;Hale A. D.;Macfarlane-Smith L. R.;Harper K. L.;Carden H.;Machin N. W.;Jackson K. A.;Ahmad S. S. Y.;George R. P.;Turtle L.;O'Toole E.;Watts J.;Breen C.;Cowell A.;Alcolea-Medina A.;Charalampous T.;Patel A.;Levett L. J.;Heaney J.;Rowan A.;Taylor G. P.;Shah D.;Atkinson L.;Lee J. C. D.;Westhorpe A. P.;Jannoo R.;Lowe H. L.;Karamani A.;Ensell L.;Chatterton W.;Pusok M.;Dadrah A.;Symmonds A.;Sluga G.;Molnar Z.;Baker P.;Bonner S.;Essex S.;Barton E.;Padgett D.;Scott G.;Greenaway J.;Payne B. A. I.;Burton-Fanning S.;Waugh S.;Raviprakash V.;Sheriff N.;Blakey V.;Williams L. -A.;Moore J.;Stonehouse S.;Smith L.;Davidson R. K.;Bedford L.;Coupland L.;Wright V.;Chappell J. G.;Tsoleridis T.;Ball J.;Khakh M.;Fleming V. M.;Lister M. M.;Howson-Wells H. C.;Berry L.;Boswell T.;Joseph A.;Willingham I.;Duckworth N.;Walsh S.;Wise E.;Moore N.;Mori M.;Cortes N.;Kidd S.;Williams R.;Gifford L.;Bicknell K.;Wyllie S.;Lloyd A.;Impey R.;Malone C. S.;Cogger B. J.;Levene N.;Monaghan L.;Keeley A. J.;Partridge D. G.;Raza M.;Evans C.;Johnson K.;Betteridge E.;Farr B. W.;Goodwin S.;Quail M. A.;Scott C.;Shirley L.;Thurston S. A. J.;Rajan D.;Bronner I. F.;Aigrain L.;Redshaw N. M.;Lensing S. V.;McCarthy S.;Makunin A.;Balcazar C. E.;Gallagher M. D.;Williamson K. A.;Stanton T. D.;Michelsen M. L.;Warwick-Dugdale J.;Manley R.;Farbos A.;Harrison J. W.;Sambles C. M.;Studholme D. J.;Lackenby A.;Mbisa T.;Platt S.;Miah S.;Bibby D.;Manso C.;Hubb J.;Dabrera G.;Ramsay M.;Bradshaw D.;Schaefer U.;Groves N.;Gallagher E.;Lee D.;Williams D.;Ellaby N.;Hartman H.;Manesis N.;Patel V.;Ledesma J.;Twohig K. A.;Allara E.;Pearson C.;Cheng J. K. J.;Bridgewater H. E.;Frost L. R.;Taylor-Joyce G.;Brown P. E.;Tong L.;Broos A.;Mair D.;Nichols J.;Carmichael S. N.;Smollett K. L.;Nomikou K.;Aranday-Cortes E.;Johnson N.;Nickbakhsh S.;Vamos E. E.;Hughes M.;Rainbow L.;Eccles R.;Nelson C.;Whitehead M.;Gregory R.;Gemmell M.;Wierzbicki C.;Webster H. J.;Fisher C. L.;Signell A. W.;Betancor G.;Wilson H. D.;Nebbia G.;Flaviani F.;Cerda A. C.;Merrill T. V.;Wilson R. E.;Cotic M.;Bayzid N.;Thompson T.;Acheson E.;Rushton S.;O'Brien S.;Baker D. J.;Rudder S.;Aydin A.;Sang F.;Debebe J.;Francois S.;Vasylyeva T. I.;Zamudio M. E.;Gutierrez B.;Marchbank A.;Maksimovic J.;Spellman K.;McCluggage K.;Morgan M.;Beer R.;Afifi S.;Workman T.;Fuller W.;Bresner C.;Angyal A.;Green L. R.;Parsons P. J.;Tucker R. M.;Brown R.;Whiteley M.;Bonfield J.;Puethe C.;Whitwham A.;Liddle J.;Rowe W.;Siveroni I.;Le-Viet T.;Gaskin A.;Johnson R.;Abnizova I.;Ali M.;Allen L.;Anderson R.;Ariani C.;Austin-Guest S.;Bala S.;Bassett A.;Battleday K.;Beal J.;Beale M.;Bellany S.;Bellerby T.;Bellis K.;Berger D.;Berriman M.;Bevan P.;Binley S.;Bishop J.;Blackburn K.;Boughton N.;Bowker S.;Brendler-Spaeth T.;Bronner I.;Brooklyn T.;Buddenborg S. K.;Bush R.;Caetano C.;Cagan A.;Carter N.;Cartwright J.;Monteiro T. C.;Chapman L.;Chillingworth T. -J.;Clapham P.;Clark R.;Clarke A.;Clarke C.;Cole D.;Cook E.;Coppola M.;Cornell L.;Cornwell C.;Corton C.;Crackett A.;Cranage A.;Craven H.;Craw S.;Crawford M.;Cutts T.;Dabrowska M.;Davies M.;Dawson J.;Day C.;Densem A.;Dibling T.;Dockree C.;Dodd D.;Dogga S.;Dougan G.;Dougherty M.;Dove A.;Drummond L.;Dudek M.;Durrant L.;Easthope E.;Eckert S.;Ellis P.;Farr B.;Fenton M.;Ferrero M.;Flack N.;Fordham H.;Forsythe G.;Francis M.;Fraser A.;Freeman A.;Galvin A.;Garcia-Casado M.;Gedny A.;Girgis S.;Glover J.;Gould O.;Gray A.;Gray E.;Griffiths C.;Gu Y.;Guerin F.;Hamilton W.;Hanks H.;Harrott A.;Harry E.;Harvison J.;Heath P.;Hernandez-Koutoucheva A.;Hobbs R.;Holland D.;Holmes S.;Hornett G.;Hough N.;Huckle L.;Hughes-Hallet L.;Hunter A.;Inglis S.;Iqbal S.;Jackson A.;Jackson D.;Verdejo C. J.;Jones M.;Kallepally K.;Kay K.;Keatley J.;Keith A.;King A.;Kitchin L.;Kleanthous M.;Klimekova M.;Korlevic P.;Krasheninnkova K.;Lane G.;Langford C.;Laverack A.;Law K.;Lensing S.;Lewis-Wade A.;Liddle J.;Lin Q.;Lindsay S.;Linsdell S.;Long R.;Lovell J.;Lovell J.;Mack J.;Maddison M.;Makunin A.;Mamun I.;Mansfield J.;Marriott N.;Martin M.;Mayho M.;McClintock J.;McHugh S.;MapcMinn L.;Meadows C.;Mobley E.;Moll R.;Morra M.;Morrow L.;Murie K.;Nash S.;Nathwani C.;Naydenova P.;Neaverson A.;Nerou E.;Nicholson J.;Nimz T.;Noell G. G.;O'Meara S.;Ohan V.;Olney C.;Ormond D.;Oszlanczi A.;Pang Y. F.;Pardubska B.;Park N.;Parmar A.;Patel G.;Payne M.;Peacock S.;Petersen A.;Plowman D.;Preston T.;Quail M.;Rance R.;Rawlings S.;Redshaw N.;Reynolds J.;Reynolds M.;Rice S.;Richardson M.;Roberts C.;Robinson K.;Robinson M.;Robinson D.;Rogers H.;Rojo E. M.;Roopra D.;Rose M.;Rudd L.;Sadri R.;Salmon N.;Saul D.;Schwach F.;Seekings P.;Simms A.;Sinnott M.;Sivadasan S.;Siwek B.;Sizer D.;Skeldon K.;Skelton J.;Slater-Tunstill J.;Sloper L.;Smerdon N.;Smith C.;Smith C.;Smith J.;Smith K.;Smith M.;Smith S.;Smith T.;Sneade L.;Soria C. D.;Sousa C.;Souster E.;Sparkes A.;Spencer-Chapman M.;Squares J.;Stanley R.;Steed C.;Stickland T.;Still I.;Stratton M.;Strickland M.;Swann A.;Swiatkowska A.;Sycamore N.;Swift E.;Symons E.;Szluha S.;Taluy E.;Tao N.;Taylor K.;Taylor S.;Thompson S.;Thompson M.;Thomson M.;Thomson N.;Thurston S.;Toombs D.;Topping B.;Tovar-Corona J.;Ungureanu D.;Uphill J.;Urbanova J.;Van P. J.;Vancollie V.;Voak P.;Walker D.;Walker M.;Waller M.;Ward G.;Weatherhogg C.;Webb N.;Wells A.;Wells E.;Westwood L.;Whipp T.;Whiteley T.;Whitton G.;Widaa S.;Williams M.;Wilson M.;Wright S.;Duncan L. M.;Carabelli A. M.;Kenyon J. C.;Lever A. M.;De Marco A.;Saliba C.;Culap K.;Cameroni E.;Matheson N. J.;Piccoli L.;Corti D.;James L. C.;Robertson D. L.;Gupta R. K.^Ultimo

2021

Abstract

We report severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike ΔH69/V70 in multiple independent lineages, often occurring after acquisition of receptor binding motif replacements such as N439K and Y453F, known to increase binding affinity to the ACE2 receptor and confer antibody escape. In vitro, we show that, although ΔH69/V70 itself is not an antibody evasion mechanism, it increases infectivity associated with enhanced incorporation of cleaved spike into virions. ΔH69/V70 is able to partially rescue infectivity of spike proteins that have acquired N439K and Y453F escape mutations by increased spike incorporation. In addition, replacement of the H69 and V70 residues in the Alpha variant B.1.1.7 spike (where ΔH69/V70 occurs naturally) impairs spike incorporation and entry efficiency of the B.1.1.7 spike pseudotyped virus. Alpha variant B.1.1.7 spike mediates faster kinetics of cell-cell fusion than wild-type Wuhan-1 D614G, dependent on ΔH69/V70. Therefore, as ΔH69/V70 compensates for immune escape mutations that impair infectivity, continued surveillance for deletions with functional effects is warranted.

Scheda breve

Scheda completa

Scheda completa (DC)

	Parole chiave
	
				Alpha variant; antibody escape; B.1.1.7; COVID-19; deletion; infectivity; neutralizing antibodies; resistance; SARS-CoV-2; spike mutation
			
	Settori scientifico-disciplinari dell'articolo (validi dal 09/05/2024)
	
				Settore BIOS-15/A - Microbiologia
Settore MEDS-03/A - Microbiologia e microbiologia clinica
Settore BIOS-08/A - Biologia molecolare
			
	Data di pubblicazione
	
				29-giu-2021
			
	Rivista in ANCE
	
				CELL REPORTS
			
	DOI
	
				https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109292
			
	Tipologia
	
				Article (author)
			
	Appare nelle tipologie:
	
				01 - Articolo su periodico

File in questo prodotto:

File	Dimensione	Formato
Meng et al 2021 Cell Reports.pdf accesso aperto Tipologia: Publisher's version/PDF Licenza: Creative commons Dimensione 4.54 MB Formato Adobe PDF Visualizza/Apri	4.54 MB	Adobe PDF	Visualizza/Apri

Pubblicazioni consigliate

I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.

Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/2434/1219245

Citazioni

299

412

332

448

IRIS Institutional Research Information System - AIR Archivio Istituzionale della Ricerca