SHEEP&GOAT biodiversity: a genomic picture of the Italian small ruminant landscape (SHEEP&GOAT biodiversity: una fotografia genomica del panorama ovino e caprino italiano)

Introduzione L’Italia presenta un ricco panorama di oltre 100 razze ovine e caprine riconosciute e gestite dall’Associazione Nazionale della Pastorizia. Un’importante azione iniziata con il progetto CHEESR e proseguita con il progetto SHEEP&GOAT, entrambi finanziati dal PSRN, è la caratterizzazione genomica dei tipi genetici autoctoni (TGA) al fine di monitorare e descrivere la biodiversità ovina e caprina italiana e fornire agli allevatori importanti parametri per la gestione dei propri riproduttori. Questo studio presenta i risultati dei dati genomici e genealogici ad oggi ottenuti. Materiali e Metodi Nell’ambito del progetto SHEEP&GOAT sono stati finora genotipizzati con SNPchip a media densità 395 soggetti di 28 razze ovine e 415 soggetti di 24 razze caprine. Per ognuna, sono stati calcolati parametri relativi alla struttura di popolazione, tra cui distanze genetiche, analisi delle componenti principali, Admixture, e somiglianza genetica entro e tra razze. Inoltre, sono stati analizzati l'inbreeding genomico basato sulle runs of homozygosity (FROH) e l'eterozigosità. Con i dati rilevati abbiamo inoltre prodotto schede di descrizione genomica dei TGA e schede di identificazione dei singoli riproduttori, che saranno rese disponibili ai proprietari per confrontare i valori stimati dei singoli soggetti con quelli medi dell'allevamento e della popolazione. Inoltre, a partire dalle consistenze del 2023, si è calcolato un valore di dimensione effettiva (Ne) per tutte le razze ovine e caprine registrate, utile per stimarne lo stato di rischio di estinzione. Risultati Le analisi relative alla struttura di popolazione confermano, in generale, una buona separazione delle razze, che si dispongono prevalentemente lungo un gradiente geografico. L’inbreeding genomico risulta essere, in media, leggermente più alto nelle pecore (7.5±4.3%) che nelle capre (6.5±4.6%), ma con valori molto variabili nelle diverse popolazioni. La ripartizione di FROH nelle diverse classi di lunghezza delle ROH consente inoltre di valutare l’evoluzione temporale dell’inbreeding, migliorando la gestione della popolazione. Grazie all’utilizzo dei dati di parentela genomica, inoltre, è possibile correggere le incongruenze riportate nei pedigree. La stima della dimensione effettiva delle popolazioni evidenzia un rischio di estinzione a breve termine (Ne≤50) per il 28% delle razze caprine e il 20% di quelle ovine, e a medio termine (Ne≤500) per oltre la metà delle popolazioni. Conclusioni I risultati ottenuti dall’integrazione delle analisi genomiche, genealogiche e fenotipiche forniscono una descrizione accurata ed aggiornata della biodiversità presente nel nostro Paese. Se tali attività diventeranno routinarie, sarà possibile valutare ancora più accuratamente l’inbreeding e la variabilità genetica delle popolazioni, strumenti fondamentali per la corretta gestione e salvaguardia delle risorse ovine e caprine locali.