Fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci and evidence for colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers

Onengut-Gumuscu, S.; Chen, W.-.; Burren, O.; Cooper, N.J.; Quinlan, A.R.; Mychaleckyj, J.C.; Farber, E.; Bonnie, J.K.; Szpak, M.; Schofield, E.; Achuthan, P.; Guo, H.; Fortune, M.D.; Stevens, H.; Walker, N.M.; Ward, L.D.; Kundaje, A.; Kellis, M.; Daly, M.J.; Barrett, J.C.; Cooper, J.D.; Deloukas, P.; Todd, J.A.; Wallace, C.; Concannon, P.; Rich, S.S.; Baskerville, T.; Bautista, N.; Bhatia, E.; Bhatia, V.; Hasan, K.B.; Bonnici, F.; Brodnicki, T.; Browning, B.; Cameron, F.; Chaichanwatanakul, K.; Cheung, P.T.; Colman, P.; Cotterill, A.; Couper, J.; Crock, P.; Cutfield, R.; Davis, T.; Dixon, P.; Donaghue, K.; Dowling, K.; Drury, P.; Dye, S.; Gellert, S.; Ghani, R.A.; Greer, R.; Han, X.; Harrison, L.; Homatopoulos, N.; Ji, L.; Jones, T.; Yin, L.K.; Kamaruddin, N.A.; Kanga, U.; Kanungo, A.; Kaur, G.; Kek, B.; Knowles, S.; Krebs, J.; Kumar, N.; Lee, Y.-.; Li, X.; Liktimaskul, S.; Lloyd, M.; Loth, A.; Louey, A.; Mehra, N.; Merriman, T.; Min, L.; Morahan, G.; Moses, R.; Mraz, G.; Murphy, R.; Nicholson, I.; Panelo, A.; Poh, P.; Price, G.; Ratnam, N.; Sanjeevi, C.; Sedimbi, S.; Shen, S.; Ying, G.S.; Tait, B.; Tandon, N.; Thomas, A.; Varney, M.; Weerakulwattana, P.; Willis, J.; Akwo, E.A.; Albret, L.; Ampudia-Blasco, F.; Argente, J.; Avbelj, M.; Babadjanova, G.; Badenhoop, K.; Battelino, T.; Beilhack, G.; Bergholdt, R.; Bingley, P.; Boehm, B.; Bolidson, J.; Brismar, K.; Brorsson, C.; Carlson, J.; Castano, L.; Chandler, K.; Cherubini, V.; Cinek, O.; Cipponeri, E.; Collado, R.C.; De Leiva, A.; Dzivite, I.; Fagulha, A.; Balcells, M.F.; Cuartero, B.G.; Lacalle, C.G.; Guja, C.; Gutierrez, P.; Hamou, A.; Hatziagelaki, E.; Heath, S.; Heilman, K.; Helmberg, W.; Hermon, O.; Hernandez, M.; Holzheu, I.; Hosszufalusi, N.; Ilonen, J.; Ionescu-Tirgoviste, C.; Johannesen, J.; Julier, C.; Kahles, H.; Kinalska, I.; Knip, M.; Kockum, I.; Kojo, E.; Kordonouri, O.; Kretowski, A.; Krikovszky, D.; Kurkhaus, A.; Kuzmicki, M.; Lavant, E.; Long, A.; Ludvigsson, J.; Madacsy, L.; Maliszewska, K.; Marga, M.; Martinez, M.P.; Mauricio, D.; Mazurkievicz, G.; Nerup, J.; Norkus, A.; Mogollon, F.J.N.; Okruszko, A.; Pettinari, C.; Phillip, M.; Pirags, V.; Pociot, F.; Pozzilli, P.; Racasan, R.; Raile, K.; Rappner, R.; Troyano, M.J.R.; Roep, B.O.; Rokni, S.; Rosinger, S.; Rubio-Cabezas, O.; Ruckgaber, C.; Satman, I.; Schober, E.; Seufert, J.; Sing, R.; Skrha, J.; Sobngwi, E.; Somerville, M.; Spinas, G.; Sumnik, Z.; Tilmann, V.; Undlien, D.; Urbanavicius, V.; Der Auwera, B.V.; San Miguel, F.V.; Vazeo-Gerasimidi, A.; Velickiene, D.; Wagner, A.; Walter, M.; Williams, A.; Ziegler, A.; Agleham, M.; Aldrich, A.; Alemzadeh, R.; Alper, C.; Aly, T.; Anastassiou, D.; Arora, S.; Austin, A.; Becker, D.; Benoist, C.; Berka, N.; Bhatia, S.; Bonella, P.; Boyle, S.; Braden, J.; Brady, B.; Brickman, W.; Christensen, R.; Couch, R.; Counts, D.; Crandall, J.; Daniels, M.; Dolan, L.; Donaldson, D.; Doria, A.; Eisenbarth, G.; Elder, J.; El-Hajj, R.; Erlich, H.; Fain, P.; Fear, A.L.; Ferry, R.; Fiallo-Scharer, R.; Geraghty, D.; Ghosh, S.; Gitelman, S.; Godwin, M.; Goland, R.; Goodman, N.; Goodwin, G.; Gravely, J.; Greenbaum, C.; Gudgeon, C.; Gunville, F.; Hagopian, W.; Hakonarson, H.; Hansen, J.; Harrington, K.; Hassing, J.; Hilliker, W.; Hoffman, R.; Hulbert, E.; Izquierdo, R.; Jospe, N.; Kaiserman, K.; Kaufman, F.; Kim, S.; Kloos, E.; Kosoy, R.; Lane, J.; Lane, J.; Lawrence, J.; Levetan, C.; Levin, P.; Lipton, R.; Lonsdale, J.; Magnuson, V.; Marks, J.; Mayer-Davis, B.; Mcevoy, R.; Mcindoe, R.; Merkle, L.; Metzger, D.; Miao, D.; Mickelson, E.; Moonsamy, P.; Moore, W.; Moran, A.; Noble, J.; Olsem, G.; Orban, T.; Orlowski, C.; Paterson, A.; Pietropaolo, M.; Pihoker, C.; Polychronakos, C.; Post, J.; Postellon, D.; Pugliese, A.; Huiqi., Q.; Quattrin, T.; Rappaport, M.; Raskin, P.; Risbeck, H.; Rodriguez, H.; Rodriguez, L.; Rogers, M.; Rubalcava, L.; Russell, B.; Schatz, D.; Scott, C.; She, J.-.; Shilling, H.; Shulman, D.; Soyka, L.; Speiser, P.; Starkman, H.; Steck, A.; Stender, S.; Stratton, L.; Sur, D.; Taback, S.; Thrailkill, K.; Toth, E.; Trymbiski, P.; Tsalikian, E.; Vertachnik, K.; Wahlen, J.; Wang, X.; Weber, S.; Wherrett, D.; Willi, S.; Wilson, D.; Youkey, J.; Young, N.; Yu, L.; Zhao, L.P.; Zimmerman, D.; Adlem, E.; Allen, J.; Brown, J.; Clarke, P.; Clayton, D.; Coleman, G.; Cucca, F.; Davison, L.; Downes, K.; Duley, S.; Dunger, D.; Esposito, L.; Everett, V.; Field, S.; Hafler, J.; Hardy, M.; Harrison, D.; Harrison, I.; Hawkins, S.; Healy, B.; Hood, S.; Howell, S.; Howson, J.; Maisuria, M.; Meadows, W.; Mistry, T.; Nezhenstsev, S.; Nutland, S.; Ovington, N.; Plagnol, V.; Rainbow, D.; Rainbow, K.; Raj, S.; Schuilenburg, H.; Simpson, A.; Smink, L.; Smyth, D.; Taylor, N.; Tuomilehto, J.; Wicker, L.; Widmer, B.; Wilson, M.; Withers, H.; Yang, J.; Brown, M.; Crews, A.; Griffin, J.; Hall, M.; Harnish, T.; Hepler, J.; Hilner, J.; King, N.; Lohman, K.; Lu, L.; Nail, J.; Perdue, L.; Pierce, J.; Reboussin, D.; Rushing, S.; Sale, M.; Sides, E.; Snively, B.; Teuschler, H.; Theil, G.; Wagenknecht, L.; Williams, D.; Akolkar, B.; Mckeon, C.; Nierras, C.; Thomson, E.; Altshuler, D.; Au, K.; Bain, S.; Barcellos, L.; Barral, S.; Becker, T.; Briggs, F.; Bronson, P.; De Bakker, P.; Devlin, B.; Eike, M.C.; Field, L.; Gabriel, S.; Garge, N.; Gaudieri, S.; Goldstein, B.; Gorodezky, C.; Hamon, S.; He, C.; Humphreys, K.; James, I.; Lathrop, M.; Lie, B.A.; Li, D.; Mack, S.; Mcginnis, R.; Mckinnon, E.; Mclaren, W.; Nolan, D.; Olsson, M.; Ott, J.; Owerbach, D.; Patterson, C.; Podolsky, R.; Ramsay, P.; Rangantah, V.; Risch, N.; Ronningen, K.S.; Shao, X.; Single, R.; Steffes, M.; Thomson, G.; Valdes, A.M.; Vandiedonck, C.; Whittaker, P.; Zhang, Q.; Bottini, N.

doi:10.1038/ng.3245

Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions, finding major pathways contributing to risk, with some loci shared across immune disorders. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10-8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34 + stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.

Fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci and evidence for colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers / S. Onengut-Gumuscu, W.-. Chen, O. Burren, N.J. Cooper, A.R. Quinlan, J.C. Mychaleckyj, E. Farber, J.K. Bonnie, M. Szpak, E. Schofield, P. Achuthan, H. Guo, M.D. Fortune, H. Stevens, N.M. Walker, L.D. Ward, A. Kundaje, M. Kellis, M.J. Daly, J.C. Barrett, J.D. Cooper, P. Deloukas, J.A. Todd, C. Wallace, P. Concannon, S.S. Rich, T. Baskerville, N. Bautista, E. Bhatia, V. Bhatia, K.B. Hasan, F. Bonnici, T. Brodnicki, B. Browning, F. Cameron, K. Chaichanwatanakul, P.T. Cheung, P. Colman, A. Cotterill, J. Couper, P. Crock, R. Cutfield, T. Davis, P. Dixon, K. Donaghue, K. Dowling, P. Drury, S. Dye, S. Gellert, R.A. Ghani, R. Greer, X. Han, L. Harrison, N. Homatopoulos, L. Ji, T. Jones, L.K. Yin, N.A. Kamaruddin, U. Kanga, A. Kanungo, G. Kaur, B. Kek, S. Knowles, J. Krebs, N. Kumar, Y.-. Lee, X. Li, S. Liktimaskul, M. Lloyd, A. Loth, A. Louey, N. Mehra, T. Merriman, L. Min, G. Morahan, R. Moses, G. Mraz, R. Murphy, I. Nicholson, A. Panelo, P. Poh, G. Price, N. Ratnam, C. Sanjeevi, S. Sedimbi, S. Shen, G.S. Ying, B. Tait, N. Tandon, A. Thomas, M. Varney, P. Weerakulwattana, J. Willis, E.A. Akwo, L. Albret, F. Ampudia-Blasco, J. Argente, M. Avbelj, G. Babadjanova, K. Badenhoop, T. Battelino, G. Beilhack, R. Bergholdt, P. Bingley, B. Boehm, J. Bolidson, K. Brismar, C. Brorsson, J. Carlson, L. Castano, K. Chandler, V. Cherubini, O. Cinek, E. Cipponeri, R.C. Collado, A. De Leiva, I. Dzivite, A. Fagulha, M.F. Balcells, B.G. Cuartero, C.G. Lacalle, C. Guja, P. Gutierrez, A. Hamou, E. Hatziagelaki, S. Heath, K. Heilman, W. Helmberg, O. Hermon, M. Hernandez, I. Holzheu, N. Hosszufalusi, J. Ilonen, C. Ionescu-Tirgoviste, J. Johannesen, C. Julier, H. Kahles, I. Kinalska, M. Knip, I. Kockum, E. Kojo, O. Kordonouri, A. Kretowski, D. Krikovszky, A. Kurkhaus, M. Kuzmicki, E. Lavant, A. Long, J. Ludvigsson, L. Madacsy, K. Maliszewska, M. Marga, M.P. Martinez, D. Mauricio, G. Mazurkievicz, J. Nerup, A. Norkus, F.J.N. Mogollon, A. Okruszko, C. Pettinari, M. Phillip, V. Pirags, F. Pociot, P. Pozzilli, R. Racasan, K. Raile, R. Rappner, M.J.R. Troyano, B.O. Roep, S. Rokni, S. Rosinger, O. Rubio-Cabezas, C. Ruckgaber, I. Satman, E. Schober, J. Seufert, R. Sing, J. Skrha, E. Sobngwi, M. Somerville, G. Spinas, Z. Sumnik, V. Tilmann, D. Undlien, V. Urbanavicius, B.V. Der Auwera, F.V. San Miguel, A. Vazeo-Gerasimidi, D. Velickiene, A. Wagner, M. Walter, A. Williams, A. Ziegler, M. Agleham, A. Aldrich, R. Alemzadeh, C. Alper, T. Aly, D. Anastassiou, S. Arora, A. Austin, D. Becker, C. Benoist, N. Berka, S. Bhatia, P. Bonella, S. Boyle, J. Braden, B. Brady, W. Brickman, R. Christensen, R. Couch, D. Counts, J. Crandall, M. Daniels, L. Dolan, D. Donaldson, A. Doria, G. Eisenbarth, J. Elder, R. El-Hajj, H. Erlich, P. Fain, A.L. Fear, R. Ferry, R. Fiallo-Scharer, D. Geraghty, S. Ghosh, S. Gitelman, M. Godwin, R. Goland, N. Goodman, G. Goodwin, J. Gravely, C. Greenbaum, C. Gudgeon, F. Gunville, W. Hagopian, H. Hakonarson, J. Hansen, K. Harrington, J. Hassing, W. Hilliker, R. Hoffman, E. Hulbert, R. Izquierdo, N. Jospe, K. Kaiserman, F. Kaufman, S. Kim, E. Kloos, R. Kosoy, J. Lane, J. Lane, J. Lawrence, C. Levetan, P. Levin, R. Lipton, J. Lonsdale, V. Magnuson, J. Marks, B. Mayer-Davis, R. Mcevoy, R. Mcindoe, L. Merkle, D. Metzger, D. Miao, E. Mickelson, P. Moonsamy, W. Moore, A. Moran, J. Noble, G. Olsem, T. Orban, C. Orlowski, A. Paterson, M. Pietropaolo, C. Pihoker, C. Polychronakos, J. Post, D. Postellon, A. Pugliese, H. Qu, T. Quattrin, M. Rappaport, P. Raskin, H. Risbeck, H. Rodriguez, L. Rodriguez, M. Rogers, L. Rubalcava, B. Russell, D. Schatz, C. Scott, J.-. She, H. Shilling, D. Shulman, L. Soyka, P. Speiser, H. Starkman, A. Steck, S. Stender, L. Stratton, D. Sur, S. Taback, K. Thrailkill, E. Toth, P. Trymbiski, E. Tsalikian, K. Vertachnik, J. Wahlen, X. Wang, S. Weber, D. Wherrett, S. Willi, D. Wilson, J. Youkey, N. Young, L. Yu, L.P. Zhao, D. Zimmerman, E. Adlem, J. Allen, J. Brown, P. Clarke, D. Clayton, G. Coleman, F. Cucca, L. Davison, K. Downes, S. Duley, D. Dunger, L. Esposito, V. Everett, S. Field, J. Hafler, M. Hardy, D. Harrison, I. Harrison, S. Hawkins, B. Healy, S. Hood, S. Howell, J. Howson, M. Maisuria, W. Meadows, T. Mistry, S. Nezhenstsev, S. Nutland, N. Ovington, V. Plagnol, D. Rainbow, K. Rainbow, S. Raj, H. Schuilenburg, A. Simpson, L. Smink, D. Smyth, N. Taylor, J. Tuomilehto, L. Wicker, B. Widmer, M. Wilson, H. Withers, J. Yang, M. Brown, A. Crews, J. Griffin, M. Hall, T. Harnish, J. Hepler, J. Hilner, N. King, K. Lohman, L. Lu, J. Nail, L. Perdue, J. Pierce, D. Reboussin, S. Rushing, M. Sale, E. Sides, B. Snively, H. Teuschler, G. Theil, L. Wagenknecht, D. Williams, B. Akolkar, C. Mckeon, C. Nierras, E. Thomson, D. Altshuler, K. Au, S. Bain, L. Barcellos, S. Barral, T. Becker, F. Briggs, P. Bronson, P. De Bakker, B. Devlin, M.C. Eike, L. Field, S. Gabriel, N. Garge, S. Gaudieri, B. Goldstein, C. Gorodezky, S. Hamon, C. He, K. Humphreys, I. James, M. Lathrop, B.A. Lie, D. Li, S. Mack, R. Mcginnis, E. Mckinnon, W. Mclaren, D. Nolan, M. Olsson, J. Ott, D. Owerbach, C. Patterson, R. Podolsky, P. Ramsay, V. Rangantah, N. Risch, K.S. Ronningen, X. Shao, R. Single, M. Steffes, G. Thomson, A.M. Valdes, C. Vandiedonck, P. Whittaker, Q. Zhang, N. Bottini. - In: NATURE GENETICS. - ISSN 1061-4036. - 47:4(2015 Apr), pp. 381-386. [10.1038/ng.3245]

Fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci and evidence for colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers

Onengut-Gumuscu S.^Primo;Chen W. -M.;Burren O.;Cooper N. J.;Quinlan A. R.;Mychaleckyj J. C.;Farber E.;Bonnie J. K.;Szpak M.;Schofield E.;Achuthan P.;Guo H.;Fortune M. D.;Stevens H.;Walker N. M.;Ward L. D.;Kundaje A.;Kellis M.;Daly M. J.;Barrett J. C.;Cooper J. D.;Deloukas P.;Todd J. A.;Wallace C.;Concannon P.;Rich S. S.;Baskerville T.;Bautista N.;Bhatia E.;Bhatia V.;Hasan K. B.;Bonnici F.;Brodnicki T.;Browning B.;Cameron F.;Chaichanwatanakul K.;Cheung P. T.;Colman P.;Cotterill A.;Couper J.;Crock P.;Cutfield R.;Davis T.;Dixon P.;Donaghue K.;Dowling K.;Drury P.;Dye S.;Gellert S.;Ghani R. A.;Greer R.;Han X.;Harrison L.;Homatopoulos N.;Ji L.;Jones T.;Yin L. K.;Kamaruddin N. A.;Kanga U.;Kanungo A.;Kaur G.;Kek B.;Knowles S.;Krebs J.;Kumar N.;Lee Y. -J.;Li X.;Liktimaskul S.;Lloyd M.;Loth A.;Louey A.;Mehra N.;Merriman T.;Min L.;Morahan G.;Moses R.;Mraz G.;Murphy R.;Nicholson I.;Panelo A.;Poh P.;Price G.;Ratnam N.;Sanjeevi C.;Sedimbi S.;Shen S.;Ying G. S.;Tait B.;Tandon N.;Thomas A.;Varney M.;Weerakulwattana P.;Willis J.;Akwo E. A.;Albret L.;Ampudia-Blasco F.;Argente J.;Avbelj M.;Babadjanova G.;Badenhoop K.;Battelino T.;Beilhack G.;Bergholdt R.;Bingley P.;Boehm B.;Bolidson J.;Brismar K.;Brorsson C.;Carlson J.;Castano L.;Chandler K.;Cherubini V.;Cinek O.;E. Cipponeri;Collado R. C.;de Leiva A.;Dzivite I.;Fagulha A.;Balcells M. F.;Cuartero B. G.;Lacalle C. G.;Guja C.;Gutierrez P.;Hamou A.;Hatziagelaki E.;Heath S.;Heilman K.;Helmberg W.;Hermon O.;Hernandez M.;Holzheu I.;Hosszufalusi N.;Ilonen J.;Ionescu-Tirgoviste C.;Johannesen J.;Julier C.;Kahles H.;Kinalska I.;Knip M.;Kockum I.;Kojo E.;Kordonouri O.;Kretowski A.;Krikovszky D.;Kurkhaus A.;Kuzmicki M.;Lavant E.;Long A.;Ludvigsson J.;Madacsy L.;Maliszewska K.;Marga M.;Martinez M. P.;Mauricio D.;Mazurkievicz G.;Nerup J.;Norkus A.;Mogollon F. J. N.;Okruszko A.;Pettinari C.;Phillip M.;Pirags V.;Pociot F.;Pozzilli P.;Racasan R.;Raile K.;Rappner R.;Troyano M. J. R.;Roep B. O.;Rokni S.;Rosinger S.;Rubio-Cabezas O.;Ruckgaber C.;Satman I.;Schober E.;Seufert J.;Sing R.;Skrha J.;Sobngwi E.;Somerville M.;Spinas G.;Sumnik Z.;Tilmann V.;Undlien D.;Urbanavicius V.;der Auwera B. V.;San Miguel F. V.;Vazeo-Gerasimidi A.;Velickiene D.;Wagner A.;Walter M.;Williams A.;Ziegler A.;Agleham M.;Aldrich A.;Alemzadeh R.;Alper C.;Aly T.;Anastassiou D.;Arora S.;Austin A.;Becker D.;Benoist C.;Berka N.;Bhatia S.;Bonella P.;Boyle S.;Braden J.;Brady B.;Brickman W.;Christensen R.;Couch R.;Counts D.;Crandall J.;Daniels M.;Dolan L.;Donaldson D.;Doria A.;Eisenbarth G.;Elder J.;El-Hajj R.;Erlich H.;Fain P.;Fear A. L.;Ferry R.;Fiallo-Scharer R.;Geraghty D.;Ghosh S.;Gitelman S.;Godwin M.;Goland R.;Goodman N.;Goodwin G.;Gravely J.;Greenbaum C.;Gudgeon C.;Gunville F.;Hagopian W.;Hakonarson H.;Hansen J.;Harrington K.;Hassing J.;Hilliker W.;Hoffman R.;Hulbert E.;Izquierdo R.;Jospe N.;Kaiserman K.;Kaufman F.;Kim S.;Kloos E.;Kosoy R.;Lane J.;Lane J.;Lawrence J.;Levetan C.;Levin P.;Lipton R.;Lonsdale J.;Magnuson V.;Marks J.;Mayer-Davis B.;McEvoy R.;McIndoe R.;Merkle L.;Metzger D.;Miao D.;Mickelson E.;Moonsamy P.;Moore W.;Moran A.;Noble J.;Olsem G.;Orban T.;Orlowski C.;Paterson A.;Pietropaolo M.;Pihoker C.;Polychronakos C.;Post J.;Postellon D.;Pugliese A.;Qu HuiQi.;Quattrin T.;Rappaport M.;Raskin P.;Risbeck H.;Rodriguez H.;Rodriguez L.;Rogers M.;Rubalcava L.;Russell B.;Schatz D.;Scott C.;She J. -X.;Shilling H.;Shulman D.;Soyka L.;Speiser P.;Starkman H.;Steck A.;Stender S.;Stratton L.;Sur D.;Taback S.;Thrailkill K.;Toth E.;Trymbiski P.;Tsalikian E.;Vertachnik K.;Wahlen J.;Wang X.;Weber S.;Wherrett D.;Willi S.;Wilson D.;Youkey J.;Young N.;Yu L.;Zhao L. P.;Zimmerman D.;Adlem E.;Allen J.;Brown J.;Clarke P.;Clayton D.;Coleman G.;Cucca F.;Davison L.;Downes K.;Duley S.;Dunger D.;Esposito L.;Everett V.;Field S.;Hafler J.;Hardy M.;Harrison D.;Harrison I.;Hawkins S.;Healy B.;Hood S.;Howell S.;Howson J.;Maisuria M.;Meadows W.;Mistry T.;Nezhenstsev S.;Nutland S.;Ovington N.;Plagnol V.;Rainbow D.;Rainbow K.;Raj S.;Schuilenburg H.;Simpson A.;Smink L.;Smyth D.;Taylor N.;Tuomilehto J.;Wicker L.;Widmer B.;Wilson M.;Withers H.;Yang J.;Brown M.;Crews A.;Griffin J.;Hall M.;Harnish T.;Hepler J.;Hilner J.;King N.;Lohman K.;Lu L.;Nail J.;Perdue L.;Pierce J.;Reboussin D.;Rushing S.;Sale M.;Sides E.;Snively B.;Teuschler H.;Theil G.;Wagenknecht L.;Williams D.;Akolkar B.;McKeon C.;Nierras C.;Thomson E.;Altshuler D.;Au K.;Bain S.;Barcellos L.;Barral S.;Becker T.;Briggs F.;Bronson P.;de Bakker P.;Devlin B.;Eike M. C.;Field L.;Gabriel S.;Garge N.;Gaudieri S.;Goldstein B.;Gorodezky C.;Hamon S.;He C.;Humphreys K.;James I.;Lathrop M.;Lie B. A.;Li D.;Mack S.;McGinnis R.;McKinnon E.;McLaren W.;Nolan D.;Olsson M.;Ott J.;Owerbach D.;Patterson C.;Podolsky R.;Ramsay P.;Rangantah V.;Risch N.;Ronningen K. S.;Shao X.;Single R.;Steffes M.;Thomson G.;Valdes A. M.;Vandiedonck C.;Whittaker P.;Zhang Q.;Bottini N.

2015

Abstract

Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions, finding major pathways contributing to risk, with some loci shared across immune disorders. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10-8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34 + stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.

Scheda breve

Scheda completa

Scheda completa (DC)

	Settori scientifico-disciplinari dell'articolo (validi dal 09/05/2024)
	
				Settore MEDS-08/A - Endocrinologia
			
	Data di pubblicazione
	
				apr-2015
			
	Rivista in ANCE
	
				NATURE GENETICS
			
	DOI
	
				https://dx.doi.org/10.1038/ng.3245
			
	Tipologia
	
				Article (author)
			
	Appare nelle tipologie:
	
				01 - Articolo su periodico

File in questo prodotto:

File	Dimensione	Formato
ng.3245.pdf accesso riservato Tipologia: Publisher's version/PDF Licenza: Nessuna licenza Dimensione 456.88 kB Formato Adobe PDF Visualizza/Apri Richiedi una copia	456.88 kB	Adobe PDF	Visualizza/Apri Richiedi una copia
Fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci and evidence for colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers.pdf accesso aperto Tipologia: Post-print, accepted manuscript ecc. (versione accettata dall'editore) Licenza: Publisher Dimensione 1.02 MB Formato Adobe PDF Visualizza/Apri	1.02 MB	Adobe PDF	Visualizza/Apri

Pubblicazioni consigliate

I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.

Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/2434/1125666

Citazioni

332

543

528

ND

IRIS Institutional Research Information System - AIR Archivio Istituzionale della Ricerca