Studio del microbioma e dell'antibiotico resistenza nelle acque superficiali: esperienza in un'area rurale del nord Italia caratterizzata da allevamenti intensivi (progetto 1H_HUB)

Introduzione: Nell’ambito del progetto 1H_HUB, è stato studiato il microbioma delle acque superfi-ciali in un’area del Nord Italia, caratterizzata da allevamenti intensivi di bovini e suini e spargi-mento dei reflui zootecnici nei campi limitrofi ai corpi idrici, mediante analisi metagenomiche. Inoltre, è stato indagato il fenomeno dell’antibiotico resistenza. Metodi: nel 2022-2023 sono state effettuate 5 campagne di prelievi in 5 canali irrigui nelle diverse stagioni. E’ stato sequenziato il microbioma acquatico con il sistema MinION (Oxford Nanopore). Sui ceppi di Pseudomonas spp identificati è stata valutata l’antibiotico resistenza con VITEK®2 card AST-N380 (Biomerieux). Risultati: Dall’analisi delle 324.872 reads si osserva che i 5 phylum in ordine di abbondanza sono Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria e Verrucomicrobia mentre a livello di ge-nere i più abbondanti sono Sulfuricurvum, Arcobacter, Limnohabitans, Aquirufa e Hydrogeno-phaga. Sono state rilevate anche L. pneumophila e P. aeruginosa con frequenza relativa <0.1%. Dei 34 ceppi finora analizzati 20 appartengono alla specie P. aeruginosa e risultano tutti sensibili agli antibiotici testati, mentre 10 appartengono alla specie P. putida e risultano tutti resistenti a Trimeto-prim Sulfametossazolo. Conclusioni: I risultati preliminari confermano la presenza di microrganismi antibiotico resistenti a livello di acque superficiali e la necessità di un continuo monitoraggio in un’ottica One Health.