EPPO-QBank: uno strumento utile per l’identificazione rapida dei fitoplasmi

EPPO-QBank (https://qbank.eppo.int/) è un database dinamico ad accesso aperto supportato dall'EPPO contenente sequenze, informazioni sui sintomi comprese fotografie, dati tassonomici e diagnostici su organismi da quarantena fitopatogeni e loro simili (funghi, batteri, artropodi, virus, fitoplasmi, nematodi e piante infestanti). Lo strumento supporta le politiche fitosanitarie nazionali e internazionali. I dati sono curati da una rete internazionale di curatori e i campioni sono disponibili da collezioni di riferimento accessibili al pubblico. Il database EPPO-QBank Phytoplasmas (https://qbank.eppo.int/phytoplasmas/) contiene sequenze di DNA (codici a barre) di circa 150 ceppi di 49 specie di ‘Candidatus Phytoplasma’ più un fitoplasma, compresi quelli da quarantena per l'Europa e i loro simili. Attualmente, il database contiene dati di sequenze curate per i membri di 'Ca. P. allocasuarinae', 'Ca. P. americanum', 'Ca. Phytoplasma asteris', 'Ca. P. aurantifolia=citri', 'Ca. P. australasiae=australasiaticum', 'Ca. P. australiense', ‘Ca. P. balanitae', 'Ca. P. brasiliense', 'Ca. P. caricae', 'Ca. P. castaneae', 'Ca. P. cirsii', 'Ca. P. cocostanzaniae’, 'Ca. P. convolvuli', 'Ca. P. costaricanum', 'Ca. P. cynodontis', 'Ca. P. dypsidis', 'Ca. P. fragariae', 'Ca. P. fraxini', 'Ca. P. graminis', 'Ca. P. hispanicum', 'Ca. P. japonicum', 'Ca. P. luffae', 'Ca. P. lycopersici', 'Ca. P. malaysianum', 'Ca. P. mali', 'Ca. P. meliae', 'Ca. P. noviguineense', 'Ca. P. omanense', 'Ca. P. oryzae', 'Ca. P. phoenicium', 'Ca. P. pini', 'Ca. P. pruni', 'Ca. P. prunorum', 'Ca. P. pyri', 'Ca. P. rhamni', 'Ca. P. rubi', 'Ca. P. sacchari', 'Ca. P. solani', 'Ca. P. spartii', 'Ca. P. stylosanthis', 'Ca. P. sudamericanum', 'Ca. P. tamaricis', 'Ca. P. trifolii', 'Ca. P. tritici', 'Ca. P. ulmi', 'Ca. P. wodyetiae', 'Ca. P. ziziphi', ‘Ca. P. palmae', ‘Ca. P. palmicola’ ed il fitoplasma “flavescence dorée” della vite. L'attuale elenco copre una larga quantità di ceppi, che comprendono una vasta variabilità genetica, adeguatamente documentati e collegati a collezioni. Tra i fitoplasmi sopra indicati 7 sono attualmente nella lista A1 poiché non sono mai stati rilevati nella regione EPPO. Se disponibili, accanto ai dati della sequenza sono inclusi la pianta ospite, il luogo di raccolta e il raccoglitore. I protocolli dettagliati per il rilevamento tramite codice a barre dei fitoplasmi utilizzando il gene 16S rRNA ed il gene tuf sono disponibili sul sito Web, con collegamenti ipertestuali alle pubblicazioni associate, quando possibile. Sono disponibili diverse opzioni di ricerca. I parametri di ricerca forniti includono la ricerca su qualsiasi campo di testo e sul nome o sul gruppo ribosomico del ‘Ca. Phytoplasma’. All'interno del sito è possibile per l'utente aggiungere ulteriori criteri di ricerca attraverso la voce di menu “aggiungi condizione”. I fitoplasmi possono essere identificati mediante analisi di sequenze singole e multilocus, attualmente utilizzando le sequenze dei geni tuf e 16S rRNA. L'organizzazione della pagina web aiuta nell'identificazione dei ceppi batterici poiché in GenBank e in altri database disponibili l'identificazione è difficile da ottenere considerando la grande abbondanza di sequenze depositate di 16S rRNA, che sono inoltre quasi identiche tra loro e che non aiutano nell’identificazione. Anche la collezione micropropagata di ceppi di fitoplasmi mantenuti dal 1992 presso l'Alma Mater Studiorum Università di Bologna (Italia) è collegata al sito web che consente agli utenti di richiedere sia ceppi vivi disponibili come micropropagati in vinca sia DNA estratti e/o materiali infetti liofilizzati. Su richiesta è disponibile anche il DNA estratto dalle piante ospiti originali dei fitoplasmi.