Fast Klebsiella pneumoniae typing for outbreak reconstruction: an highly discriminatory HRM protocol on wzi capsular gene developed using EasyPrimer tool

Perini, M.; Piazza, A.; Panelli, S.; Carlo, D.D.; Corbella, M.; Gona, F.; Vailati, F.; Marone, P.; Cirillo, D.M.; Farina, C.; Zuccotti, G.V.; Comandatore, F.

doi:10.1101/679001

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In this work we present EasyPrimer, a user-friendly online tool developed to assist pan-PCR and High Resolution Melting (HRM) primer design. The tool finds the most suitable regions for primer design in a gene alignment and returns a clear graphical representation of their positions on the gene. EasyPrimer is particularly useful in difficult contexts, e.g. on gene alignments of hundreds of sequences and/or on highly variable genes. HRM analysis is an emerging method for fast and cost saving bacterial typing and an HRM scheme of six primer sets on five Multi-Locus Sequence Type (MLST) genes is already available for Klebsiella pneumoniae. We validated the tool designing a scheme of two HRM primer sets on the hypervariable gene wzi of Klebsiella pneumoniae and compared the two schemes. The wzi scheme resulted to have a discriminatory power comparable to the HRM MLST scheme, using only one third of primer sets. Then we successfully used the wzi HRM primer scheme to reconstruct a Klebsiella pneumoniae nosocomial outbreak in few hours. The use of hypervariable genes reduces the number of HRM primer sets required for bacterial typing allowing to perform cost saving, large-scale surveillance programs.

Fast Klebsiella pneumoniae typing for outbreak reconstruction: an highly discriminatory HRM protocol on wzi capsular gene developed using EasyPrimer tool / M. Perini, A. Piazza, S. Panelli, D.D. Carlo, M. Corbella, F. Gona, F. Vailati, P. Marone, D.M. Cirillo, C. Farina, G.V. Zuccotti, F. Comandatore. - (2019 Jun 28).

Titolo:	Fast Klebsiella pneumoniae typing for outbreak reconstruction: an highly discriminatory HRM protocol on wzi capsular gene developed using EasyPrimer tool
Autori:	PERINI, MATTEO (Primo) PIAZZA, AURORA (Secondo) PANELLI, SIMONA DI CARLO, DOMENICO Corbella, Marta Gona, Floriana Vailati, Francesca Marone, Piero Cirillo, Daniela Maria Farina, Claudio ZUCCOTTI, GIAN VINCENZO COMANDATORE, FRANCESCO mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Settore Scientifico Disciplinare:	Settore MED/07 - Microbiologia e Microbiologia Clinica
Data di pubblicazione:	2019-06-28
URL:	https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2019/06/28/679001.full.pdf
Digital Object Identifier (DOI):	10.1101/679001
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