1985-2016 Geotrichum spp : nuova identificazione molecolare e studio della sensibilità in vitro

La tassonomia dei funghi filamentosi lievito-simili del genere Geotrichum ha subito negli anni numerose revisioni (Blastoschizomyces, Dipodascus ecc). Recentemente l’analisi di sequenze della regione ITS ha consentito di distinguere G. clavatum associato all’anamorfo Saprochaete clavata da G. capitatum associato a Magnusiomyces capitatus. Frequentemente le due specie vengono confuse a causa della loro somiglianza fenotipica e anche il ricorso alla biologia molecolare può essere fuorviante per la presenza di database limitati o non corretti (Desnos-Olivier 2014). Le recenti segnalazioni in Lombardia di un numero crescente di fungemie da Geotrichum/Saprochaete/Magnusiomyces ci ha indotto ad analizzare i ceppi clinici di queste specie isolati dal 1985 al 2016 con l’obiettivo di una corretta identificazione mediante biologia molecolare e di saggiare la sensibilità in vitro agli antifungini. Per l’identificazione molecolare il DNA genomico è stato amplificato e la regione ITS1-5.8S-ITS2 è stata sequenziata utilizzando i primers ITS1e ITS4. Le sequenze ottenute sono state confrontate con le sequenze presenti nel CBS database. La sensibilità in vitro a 10 antifungini è stata saggiata mediante microbrododiluizione (metodica EUCAST, CLSI e YeastOne). Per saggiare l’attività di isavuconazolo è stato impiegato anche Etest. Dei 41 ceppi, isolati ognuno da un singolo paziente, 25 sono stati identificati come M. capitatus, 15 come S. clavata e 1 come G. candidum. Tra i 21 isolati da emocoltura è stata osservata una prevalenza di S. clavata (15 ceppi, isolati prevalentemente da pazienti ematologici e in un periodo successivo all’anno 2003) rispetto a M. capitatus (6 ceppi, isolati soprattutto da pazienti chirurgici e negli anni ’80-90). M. capitatus è risultato prevalente (19/20) tra gli isolati da altri materiali biologici, rappresentati in particolare da secrezioni respiratorie. Le sensibilità in vitro hanno confermato la resistenza intrinseca di queste specie alle echinocandine, hanno evidenziato una buona sensibilità agli azoli itra, posa e vori. Per quanto riguarda isavuconazolo e flucitosina si evidenziano differenti pattern di sensibilità tra le due specie, S. clavata ha MIC di flucitosina inferiori e MIC di isavuconazolo superiori rispetto a M. capitatus. Con sempre maggior frequenza sono segnalate le infezioni da Saprochaete/Magnusiomyces in particolare dall’Europa meridionale. Tuttavia risulta difficile confrontare l’eziologia data le difficoltà di identificazione. Dall’analisi della nostra casistica emerge una differente distribuzione delle due specie (S. clavata e M. capitatus) nei differenti materiali biologici e un considerevole aumento negli anni più recenti della S. clavata da emocoltura in particolare da pazienti ematologici. La resistenza intrinseca di queste specie alle echinocandine, antifungini di sempre maggior impiego, potrebbe essere il motivo dell’emergenza di queste infezioni rare.