Filogeografia, dilodinamica e catene di contagio di bovine viral diarrhea virus sottotipo 1-F in nord Italia

Il virus della diarrea virale bovina (Bovine viral diarrhea virus, BVDV) tipo 1 in Italia è caratterizzato da alta variabilità genetica, con almeno 20 sottotipi presenti. Il sottotipo 1f è endemico in una ristretta area geografica, ed è quindi caratterizzato da una distribuzione locale. In questo lavoro sono stati analizzati dati di filodinamica e filogeografia di BVDV-1f nel Nord Italia e sono state determinate le catene di contagio in un sottogruppo di campioni provenienti dal Piemonte e dalla Valle d’Aosta. Per la filogeografia, sono state analizzate le sequenze 5’UTR di 51 campioni distribuiti in un arco temporale compreso tra il 1966 e il 2013. Successivamente, è stato selezionato un subset di 12 campioni per sequenziamento del gene Npro per caratterizzare le catene di contagio mediante i dati molecolari ed epidemiologici.. L’analisi filogeografica ha stimato la radice dell’albero nel 1965 in Veneto. Quattro subclade contengono sequenze raggruppate per regione: Lombardia (n=3), Lombardia ed Emilia-Romagna (n=7), Piemonte (n=17), Piemonte e Valle d’Aosta (n=21). Il subclade piemontese ha una struttura “ladder-like”, mente il subclade di Piemonte e Valle d’Aosta a una struttura quasi completamente binaria. Nel sottogruppo di Npro, la ricostruzione dell’outbreak ha identificato in un campione del Piemonte, la fonte più probabile di infezione per la Valle d’Aosta. Un apposito questionario inviato ai veterinari competenti ha rivelato connessioni epidemiologiche e flussi commerciali diretti o indiretti (compravendite, fiere, mercati) tra allevamenti campionati e non campionati. La filogeografia ha stimato che BVDV-1f, dopo la sua comparsa in Veneto, si è propagato verso ovest, diffondendosi in Lombardia ed Emilia-Romagna nei primi anni ‘90, e successivamente in Piemonte e Valle d’Aosta nel primo decennio del 2000. Sia l’analisi filogeografica sull’intero dataset che sul sottogruppo di Npro hanno indicato che BVDV-1f è stato introdotto in Valle d’Aosta a partire dal Piemonte.