BODEGA, BEATRICE
BODEGA, BEATRICE
Dipartimento di Bioscienze
Evolution increases primates brain complexity extending RbFOX1 splicing activity to LSD1 modulation
2022 C. Forastieri, M. Italia, E. Toffolo, E. Romito, M. Bonasoni, V. Ranzani, B. Bodega, F.S. Rusconi, E. Battaglioli
LINE1 are spliced in non-canonical transcript variants to regulate T cell quiescence and exhaustion
2022 F. Marasca, S. Sinha, R. Vadala, B. Polimeni, V. Ranzani, E.M. Paraboschi, F.V. Burattin, M. Ghilotti, M. Crosti, M.L. Negri, S. Campagnoli, S. Notarbartolo, A. Sartore-Bianchi, S. Siena, D. Prati, G. Montini, G. Viale, O. Torre, S. Harari, R. Grifantini, G. Solda, S. Biffo, S. Abrignani, B. Bodega
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
2021 M. Grapotte, M. Saraswat, C. Bessiere, C. Menichelli, J.A. Ramilowski, J. Severin, Y. Hayashizaki, M. Itoh, M. Tagami, M. Murata, M. Kojima-Ishiyama, S. Noma, S. Noguchi, T. Kasukawa, A. Hasegawa, H. Suzuki, H. Nishiyori-Sueki, M.C. Frith, I. Abugessaisa, S. Aitken, B.L. Aken, I. Alam, T. Alam, R. Alasiri, A.M.N. Alhendi, H. Alinejad-Rokny, M.J. Alvarez, R. Andersson, T. Arakawa, M. Araki, T. Arbel, J. Archer, A.L. Archibald, E. Arner, P. Arner, K. Asai, H. Ashoor, G. Astrom, M. Babina, J.K. Baillie, V.B. Bajic, A. Bajpai, S. Baker, R.M. Baldarelli, A. Balic, M. Bansal, A.O. Batagov, S. Batzoglou, A.G. Beckhouse, A.P. Beltrami, C.A. Beltrami, N. Bertin, S. Bhattacharya, P.J. Bickel, J.A. Blake, M. Blanchette, B. Bodega, A. Bonetti, H. Bono, J. Bornholdt, M. Bttcher, S. Bougouffa, M. Boyd, J. Breda, F. Brombacher, J.B. Brown, C.J. Bult, A.M. Burroughs, D.W. Burt, A. Busch, G. Caglio, A. Califano, C.J. Cameron, C.V. Cannistraci, A. Carbone, A.J. Carlisle, P. Carninci, K.W. Carter, D. Cesselli, J.-. Chang, J.C. Chen, Y. Chen, M. Chierici, J. Christodoulou, Y. Ciani, E.L. Clark, M. Coskun, M. Dalby, E. Dalla, C.O. Daub, C.A. Davis, M.J.L. de Hoon, D. de Rie, E. Denisenko, B. Deplancke, M. Detmar, R. Deviatiiarov, D. Di Bernardo, A.D. Diehl, L.C. Dieterich, E. Dimont, S. Djebali, T. Dohi, J. Dostie, F. Drablos, A.S.B. Edge, M. Edinger, A. Ehrlund, K. Ekwall, A. Elofsson, M. Endoh, H. Enomoto, S. Enomoto, M. Faghihi, M. Fagiolini, M.C. Farach-Carson, G.J. Faulkner, A. Favorov, A.M. Fernandes, C. Ferrai, A.R.R. Forrest, L.M. Forrester, M. Forsberg, A. Fort, M. Francescatto, T.C. Freeman, M. Frith, S. Fukuda, M. Funayama, C. Furlanello, M. Furuno, C. Furusawa, H. Gao, I. Gazova, C. Gebhard, F. Geier, T.B.H. Geijtenbeek, S. Ghosh, Y. Ghosheh, T.R. Gingeras, T. Gojobori, T. Goldberg, D. Goldowitz, J. Gough, D. Greco, A.J. Gruber, S. Guhl, R. Guigo, R. Guler, O. Gusev, S. Gustincich, T.J. Ha, V. Haberle, P. Hale, B.M. Hallstrom, M. Hamada, L. Handoko, M. Hara, M. Harbers, J. Harrow, J. Harshbarger, T. Hase, A. Hasegawa, K. Hashimoto, T. Hatano, N. Hattori, R. Hayashi, Y. Hayashizaki, M. Herlyn, K. Hettne, P. Heutink, W. Hide, K.J. Hitchens, S.H. Sui, P.A.C. 't Hoen, C.C. Hon, F. Hori, M. Horie, K. Horimoto, P. Horton, R. Hou, E. Huang, Y. Huang, R. Hugues, D. Hume, H. Ienasescu, K. Iida, T. Ikawa, T. Ikemura, K. Ikeo, N. Inoue, Y. Ishizu, Y. Ito, M. Itoh, A.V. Ivshina, B.R. Jankovic, P. Jenjaroenpun, R. Johnson, M. Jorgensen, H. Jorjani, A. Joshi, G. Jurman, B. Kaczkowski, C. Kai, K. Kaida, K. Kajiyama, R. Kaliyaperumal, E. Kaminuma, T. Kanaya, H. Kaneda, P. Kapranov, A.S. Kasianov, T. Kasukawa, T. Katayama, S. Kato, S. Kawaguchi, J. Kawai, H. Kawaji, H. Kawamoto, Y.I. Kawamura, S. Kawasaki, T. Kawashima, J.S. Kempfle, T.J. Kenna, J. Kere, L. Khachigian, H. Kiryu, M. Kishima, H. Kitajima, T. Kitamura, H. Kitano, E. Klaric, K. Klepper, S.P. Klinken, E. Kloppmann, A.J. Knox, Y. Kodama, Y. Kogo, M. Kojima, S. Kojima, N. Komatsu, H. Komiyama, T. Kono, H. Koseki, S. Koyasu, A. Kratz, A. Kukalev, I. Kulakovskiy, A. Kundaje, H. Kunikata, R. Kuo, T. Kuo, S. Kuraku, V.A. Kuznetsov, T.J. Kwon, M. Larouche, T. Lassmann, A. Law, K.-. Le-Cao, C.-. Lecellier, W. Lee, B. Lenhard, A. Lennartsson, K. Li, R. Li, B. Lilje, L. Lipovich, M. Lizio, G. Lopez, S. Magi, G.K. Mak, V. Makeev, R. Manabe, M. Mandai, J. Mar, K. Maruyama, T. Maruyama, E. Mason, A. Mathelier, H. Matsuda, Y.A. Medvedeva, T.F. Meehan, N. Mejhert, A. Meynert, N. Mikami, A. Minoda, H. Miura, Y. Miyagi, A. Miyawaki, Y. Mizuno, H. Morikawa, M. Morimoto, M. Morioka, S. Morishita, K. Moro, E. Motakis, H. Motohashi, A.K. Mukarram, C.L. Mummery, C.J. Mungall, Y. Murakawa, M. Muramatsu, M. Murata, K. Nagasaka, T. Nagase, Y. Nakachi, F. Nakahara, K. Nakai, K. Nakamura, Y. Nakamura, Y. Nakamura, T. Nakazawa, G.P. Nason, C. Nepal, Q.H. Nguyen, L.K. Nielsen, K. Nishida, K.M. Nishiguchi, H. Nishiyori, K. Nitta, S. Noguchi, S. Noma, C. Notredame, S. Ogishima, N. Ohkura, H. Ohno, M. Ohshima, T. Ohtsu, Y. Okada, M. Okada-Hatakeyama, Y. Okazaki, P. Oksvold, V. Orlando, G.S. Ow, M. Ozturk, M. Pachkov, T. Paparountas, S.P. Parihar, S.-. Park, G. Pascarella, R. Passier, H. Persson, I.H. Philippens, S. Piazza, C. Plessy, A. Pombo, F. Ponten, S. Poulain, T.M. Poulsen, S. Pradhan, C. Prezioso, C. Pridans, X.-. Qin, J. Quackenbush, O. Rackham, J. Ramilowski, T. Ravasi, M. Rehli, S. Rennie, T. Rito, P. Rizzu, C. Robert, M. Roos, B. Rost, F. Roudnicky, R. Roy, M.B. Rye, O. Sachenkova, P. Saetrom, H. Sai, S. Saiki, M. Saito, A. Saito, S. Sakaguchi, M. Sakai, S. Sakaue, A. Sakaue-Sawano, A. Sandelin, H. Sano, Y. Sasamoto, H. Sato, A. Saxena, H. Saya, A. Schafferhans, S. Schmeier, C. Schmidl, D. Schmocker, C. Schneider, M. Schueler, E.A. Schultes, G. Schulze-Tanzil, C.A. Semple, S. Seno, W. Seo, J. Sese, J. Severin, G. Sheng, J. Shi, Y. Shimoni, J.W. Shin, J. Simonsanchez, A. Sivertsson, E. Sjostedt, C. Soderhall, G.S. Laurent, M.H. Stoiber, D. Sugiyama, K.M. Summers, A.M. Suzuki, H. Suzuki, K. Suzuki, M. Suzuki, N. Suzuki, T. Suzuki, D.J. Swanson, R.K. Swoboda, M. Tagami, A. Taguchi, H. Takahashi, M. Takahashi, K. Takamochi, S. Takeda, Y. Takenaka, K.T. Tam, H. Tanaka, R. Tanaka, Y. Tanaka, D. Tang, I. Taniuchi, A. Tanzer, H. Tarui, M.S. Taylor, A. Terada, Y. Terao, A.C. Testa, M. Thomas, S. Thongjuea, K. Tomii, E.T. Triglia, H. Toyoda, H.G. Tsang, M. Tsujikawa, M. Uhlen, E. Valen, M. van de Wetering, E. van Nimwegen, D. Velmeshev, R. Verardo, M. Vitezic, K. Vitting-Seerup, K. von Feilitzen, C.R. Voolstra, I.E. Vorontsov, C. Wahlestedt, W.W. Wasserman, K. Watanabe, S. Watanabe, C.A. Wells, L.N. Winteringham, E. Wolvetang, H. Yabukami, K. Yagi, T. Yamada, Y. Yamaguchi, M. Yamamoto, Y. Yamamoto, Y. Yamamoto, Y. Yamanaka, K. Yano, K. Yasuzawa, Y. Yatsuka, M. Yo, S. Yokokura, M. Yoneda, E. Yoshida, Y. Yoshida, M. Yoshihara, R. Young, R.S. Young, N.Y. Yu, N. Yumoto, S.E. Zabierowski, P.G. Zhang, S. Zucchelli, M. Zwahlen, C. Chatelain, P. Carninci, M.J.L. de Hoon, W.W. Wasserman, L. Brehelin, C.-. Lecellier
An Algorithm for the Analysis of the 3D Spatial Organization of the Genome.
2021 F. Gregoretti, A. Cortesi, G. Oliva, B. Bodega, L. Antonelli
3d combo chrrna–dna–immunofish
2021 F. Marasca, A. Cortesi, B. Bodega
Early maternal care restores LINE-1 methylation and enhances neurodevelopment in preterm infants
2021 C. Fontana, F. Marasca, L. Provitera, S. Mancinelli, N. Pesenti, S. Sinha, S. Passera, S. Abrignani, F. Mosca, S. Lodato, B. Bodega, M. Fumagalli
Targeting HDAC8 to ameliorate skeletal muscle differentiation in Duchenne muscular dystrophy
2021 M. Spreafico, M. Cafora, C. Bragato, D. Capitanio, F. Marasca, B. Bodega, C. De Palma, M. Mora, C. Gelfi, A. Marozzi, A. Pistocchi
Dysfunctional polycomb transcriptional repression contributes to lamin A/C-dependent muscular dystrophy
2020 A. Bianchi, C. Mozzetta, G. Pegoli, F. Lucini, S. Valsoni, V. Rosti, C. Petrini, A. Cortesi, F. Gregoretti, L. Antonelli, G. Oliva, M. de Bardi, R. Rizzi, B. Bodega, D. Pasini, F. Ferrari, C. Bearzi, C. Lanzuolo
Dysfunctional polycomb transcriptional repression contributes to lamin A/C dependent muscular dystrophy
2020 A. Bianchi, C. Mozzetta, G. Pegoli, F. Lucini, S. Valsoni, V. Rosti, C. Petrini, A. Cortesi, F. Gregoretti, L. Antonelli, G. Oliva, M. De Bardi, R. Rizzi, B. Bodega, D. Pasini, F. Ferrari, C. Bearzi, C. Lanzuolo
Profound alterations of the chromatin architecture at chromosome 11p15.5 in cells from Beckwith-Wiedemann and Silver-Russell syndromes patients
2020 D. Rovina, M. La Vecchia, A. Cortesi, L. Fontana, M. Pesant, S. Maitz, S. Tabano, B. Bodega, M. Miozzo, S.M. Sirchia
The sophisticated transcriptional response governed by transposable elements in human health and disease
2020 F. Marasca, E. Gasparotto, B. Polimeni, R. Vadala', V. Ranzani, B. Bodega
3D multicolor DNA fish tool to study nuclear architecture in human primary cells
2020 F. Marasca, A. Cortesi, L. Manganaro, B. Bodega
4q-D4Z4 chromatin architecture regulates the transcription of muscle atrophic genes in facioscapulohumeral muscular dystrophy
2019 A. Cortesi, M. Pesant, S. Sinha, F. Marasca, E. Sala, F. Gregoretti, L. Antonelli, G. Oliva, C. Chiereghin, G. Solda, B. Bodega
NIPBL: a new player in myeloid cells differentiation
2019 M. Mazzola, G. Deflorian, A. Pezzotta, L. Ferrari, G. Fazio, E. Bresciani, C. Saitta, L. Ferrari, M. Fumagalli, M. Parma, F. Marasca, B. Bodega, P. Riva, F. Cotelli, A. Biondi, A. Marozzi, G. Cazzaniga, A. Pistocchi
How Polycomb-Mediated Cell Memory Deals With a Changing Environment: Variations in PcG complexes and proteins assortment convey plasticity to epigenetic regulation as a response to environment
2018 F. Marasca, B. Bodega, V. Orlando
FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples
2017 S. Noguchi, T. Arakawa, S. Fukuda, M. Furuno, A. Hasegawa, F. Hori, S. Ishikawa-Kato, K. Kaida, A. Kaiho, M. Kanamori-Katayama, T. Kawashima, M. Kojima, A. Kubosaki, R.-. Manabe, M. Murata, S. Nagao-Sato, K. Nakazato, N. Ninomiya, H. Nishiyori-Sueki, S. Noma, E. Saijyo, A. Saka, M. Sakai, C. Simon, N. Suzuki, M. Tagami, S. Watanabe, S. Yoshida, P. Arner, R.A. Axton, M. Babina, J. Kenneth Baillie, T.C. Barnett, A.G. Beckhouse, A. Blumenthal, B. Bodega, A. Bonetti, J. Briggs, F. Brombacher, A.J. Carlisle, H.C. Clevers, C.A. Davis, M. Detmar, T. Dohi, B.A.S. Edge, M. Edinger, A. Ehrlund, K. Ekwall, M. Endoh, H. Enomoto, A. Eslami, M. Fagiolini, L. Fairbairn, M.C. Farach-Carson, G.J. Faulkner, C. Ferrai, M.E. Fisher, L.M. Forrester, R. Fujita, J.-. Furusawa, T.B. Geijtenbeek, T. Gingeras, D. Goldowitz, S. Guhl, R. Guler, S. Gustincich, T.J. Ha, M. Hamaguchi, M. Hara, Y. Hasegawa, M. Herlyn, P. Heutink, K.J. Hitchens, D.A. Hume, T. Ikawa, Y. Ishizu, C. Kai, H. Kawamoto, Y.I. Kawamura, J.S. Kempfle, T.J. Kenna, J. Kere, L.M. Khachigian, T. Kitamura, S. Klein, S. Peter Klinken, A.J. Knox, S. Kojima, H. Koseki, S. Koyasu, W. Lee, A. Lennartsson, A. MacKay-Sim, N. Mejhert, Y. Mizuno, H. Morikawa, M. Morimoto, K. Moro, K.J. Morris, H. Motohashi, C.L. Mummery, Y. Nakachi, F. Nakahara, T. Nakamura, Y. Nakamura, T. Nozaki, S. Ogishima, N. Ohkura, H. Ohno, M. Ohshima, M. Okada-Hatakeyama, Y. Okazaki, V. Orlando, D.A. Ovchinnikov, R. Passier, M. Patrikakis, A. Pombo, S. Pradhan-Bhatt, X.-. Qin, M. Rehli, P. Rizzu, S. Roy, A. Sajantila, S. Sakaguchi, H. Sato, H. Satoh, S. Savvi, A. Saxena, C. Schmidl, C. Schneider, G.G. Schulze-Tanzil, A. Schwegmann, G. Sheng, J.W. Shin, D. Sugiyama, T. Sugiyama, K.M. Summers, N. Takahashi, J. Takai, H. Tanaka, H. Tatsukawa, A. Tomoiu, H. Toyoda, M. Wetering, L.M.V.D. Berg, R. Verardo, D. Vijayan, C.A. Wells, L.N. Winteringham, E. Wolvetang, Y. Yamaguchi, M. Yamamoto, C. Yanagi-Mizuochi, M. Yoneda, Y. Yonekura, P.G. Zhang, S. Zucchelli, I. Abugessaisa, E. Arner, J. Harshbarger, A. Kondo, T. Lassmann, M. Lizio, S. Sahin, T. Sengstag, J. Severin, H. Shimoji, M. Suzuki, H. Suzuki, J. Kawai, N. Kondo, M. Itoh, C.O. Daub, T. Kasukawa, H. Kawaji, P. Carninci, A.R.R. Forrest, Y. Hayashizaki
A cytosolic Ezh1 isoform modulates a PRC2-Ezh1 epigenetic adaptive response in postmitotic cells
2017 B. Bodega, F. Marasca, V. Ranzani, A. Cherubini, F. Della Valle, M.V. Neguembor, M. Wassef, A. Zippo, C. Lanzuolo, M. Pagani, V. Orlando
Chromosome conformation capture in primary human cells
2016 A. Cortesi, B. Bodega
The long intergenic noncoding RNA landscape of human lymphocytes highlights the regulation of T cell differentiation by linc-MAF-4
2015 V. Ranzani, G. Rossetti, I. Panzeri, A. Arrigoni, R. Bonnal, S. Curti, P. Gruarin, E. Provasi, E. Sugliano, M. Marconi, R. De Francesco, J. Geginat, B. Bodega, S. Abrignani, M. Pagani
Lamin A/C sustains PcG protein architecture, maintaining transcriptional repression at target genes
2015 E. Cesarini, C. Mozzetta, F. Marullo, F. Gregoretti, A. Gargiulo, M. Columbaro, A. Cortesi, L. Antonelli, S. Di Pelino, S. Squarzoni, D. Palacios, A. Zippo, B. Bodega, G. Oliva, C. Lanzuolo